结论：
要求员工按不定时工时制度核算考勤以规避加班费，是否合理需分情况讨论，关键在于企业是否依法履行了不定时工时制的审批程序，以及该制度是否符合员工的实际工作性质。若未依法审批或不符合条件，企业仍需支付加班费；若符合条件，则可能无需支付。以下是具体分析：

1. 不定时工时制的法律定义与适用条件

根据《劳动法》第三十九条及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》，不定时工时制适用于以下岗位：

• 企业高级管理人员、外勤人员、推销人员等因工作性质无法按标准工时制考勤的岗位；
  
• 需机动作业的职工（如长途运输司机、出租车司机等）；
  
• 其他因生产特点、工作特殊需要或职责范围关系，适合实行不定时工时制的岗位。
  

核心前提：企业需向劳动行政部门申请审批，并获得书面批准后，方可对特定岗位实行不定时工时制。未经审批的，即使合同中约定，也视为无效，仍需按标准工时制计算加班费。

2. 企业要求“按不定时工时制核算”是否合理？

• 若企业未依法审批：
  即使要求员工按不定时工时制考勤（如不打卡、不记录工时），仍需按标准工时制支付加班费。例如，员工实际存在超时工作（如每日工作10小时），企业需支付1.5倍工资的加班费；休息日工作且未补休的，需支付2倍工资。

• 若企业已依法审批：
  对符合不定时工时制条件的岗位（如外勤销售），企业可不支付加班费，但需满足以下条件：

  • 员工工作性质确实无法按标准工时制考勤（如需频繁出差、客户拜访）；
    
  • 企业已通过民主程序（如职工代表大会）与员工协商一致，并在劳动合同中明确约定；
    
  • 员工实际工作时间未超出合理范围（如虽无固定考勤，但平均每日工作未超过8小时）。
    

例外情形：即使实行不定时工时制，若员工在法定节假日工作，企业仍需支付3倍工资的加班费（依据《工资支付暂行规定》第十三条）。

3. 员工如何维权？

若企业以“不定时工时制”为由拒付加班费，员工可采取以下步骤：

1. 核查审批文件：要求企业出示劳动行政部门对不定时工时制的批准文件；
   
2. 收集证据：保留考勤记录、工作邮件、加班通知等证明实际工作时间的材料；
   
3. 投诉或仲裁：向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，主张加班费及经济补偿。

4. 对企业的建议

• 严格依法申请不定时工时制审批，避免“口头约定”或“合同单方规定”；
  
• 对适用不定时工时制的岗位，明确工作范围和考核标准（如以任务完成度而非工时考核）；
  
• 保留员工同意不定时工时制的书面记录，避免纠纷。

总结：企业能否以不定时工时制规避加班费，取决于是否依法审批及岗位性质。员工若怀疑权益受损，可依法核查企业行为合法性，并通过法律途径维权。如有具体案例或细节需要进一步分析，欢迎随时向我咨询。