关于您提出的“工厂发工资扣个人所得税是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，工厂在发工资时依法代扣代缴个人所得税是合法的。这一过程严格遵循《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，下面我将为您详细解析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税是对个人所得（包括工资、薪金所得）征收的一种税。工厂作为支付工资薪金的单位，有义务按照税法规定，从员工工资中代扣代缴个人所得税，并按时向税务机关申报缴纳。
二、扣税过程
确定应纳税所得额：
- 应纳税所得额是计算个人所得税的起点，它等于月度收入减去起征点（目前为每月5000元）、专项扣除（如基本养老保险、基本医疗保险、失业保险及住房公积金等）、专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等）以及其他依法确定的扣除。
查找适用税率和速算扣除数：
- 根据应纳税所得额，参照个人所得税税率表，确定对应的税率和速算扣除数。
计算应纳税额：
- 应纳税额等于应纳税所得额乘以适用税率，再减去速算扣除数。
三、合法性说明
- 代扣代缴义务：工厂作为工资薪金的支付方，根据税法规定，有义务代扣代缴员工的个人所得税。这是工厂的法律责任，也是保障国家税收的重要措施。
- 透明公开：工厂在代扣代缴个人所得税时，应当向员工提供详细的扣税明细，包括应纳税所得额、适用税率、速算扣除数以及应纳税额等，确保扣税过程的透明公开。
- 合法合规：只要工厂按照税法规定进行代扣代缴，且扣税过程透明公开，那么这一行为就是合法合规的。
四、员工权益
- 查询扣税明细：员工有权向工厂查询自己的扣税明细，了解扣税的具体情况和依据。
- 维权途径：如果员工认为工厂在代扣代缴个人所得税过程中存在违法行为，如无故多扣、少扣或未扣等，可以向当地税务机关举报或投诉，维护自己的合法权益。
五、实际案例
以一位月工资为10000元的员工为例，假设其“三险一金”专项扣除为1000元，且有一个子女正在接受全日制学历教育，可享受每月1000元的专项附加扣除。那么，该员工每月应缴纳的个人所得税计算如下：
- 应纳税所得额 = 10000 - 5000 - 1000 - 1000 = 3000元
- 根据税率表，3000元对应的税率为3%（假设不超过第一级税率上限），速算扣除数为0。
- 应纳税额 = 3000 × 3% - 0 = 90元（注：此处为简化计算，实际税率可能因应纳税所得额的具体数额而有所调整，但原理相同。）
因此，工厂在发工资时依法代扣代缴90元的个人所得税是合法的。
综上所述，工厂在发工资时依法代扣代缴个人所得税是合法且必要的。员工应当了解自己的扣税情况，并在必要时维护自己的合法权益。