结论：建筑工程总承包授权控股20%的子公司代开发票的行为，在多数情况下不合法，可能涉及虚开发票或违反税务管理规定，需根据具体情形进一步分析。

1. 从发票管理法规角度分析
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定，任何单位和个人不得为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，也不得介绍他人开具此类发票。若子公司未实际参与工程承包、施工或材料供应等环节，仅因控股关系代开发票，则属于“与实际经营业务情况不符”的情形，涉嫌虚开发票，可能面临税务行政处罚（如罚款、没收违法所得），情节严重的还可能构成虚开发票罪（《刑法》第二百零五条之一）。

2. 从税务合规性角度分析
   即使子公司实际参与了部分工程环节（如材料采购），代开发票仍需满足“三流一致”原则（资金流、货物流、发票流）。若总承包方与子公司之间未发生真实交易，或交易金额、内容与发票不符，仍可能被认定为违规代开。此外，若子公司未具备相应的建筑业资质，代开发票可能进一步涉及非法转包、分包等违法行为。

3. 从控股关系特殊性角度分析
   控股20%的子公司属于关联方，但关联关系本身不改变发票代开的合法性判断标准。税务机关在核查时，会重点审查交易真实性、合理性及价格公允性。若总承包方与子公司通过代开发票人为调整利润、转移税负，可能触发反避税调查，面临纳税调整、滞纳金及罚款等后果。

建议：

• 立即停止违规代开发票行为，梳理总承包方与子公司之间的真实交易关系；
  
• 若存在真实业务，确保“三流一致”，由实际提供服务或货物的一方开具发票；
  
• 咨询专业税务律师，评估历史行为的法律风险，必要时主动向税务机关说明情况并补缴税款；
  
• 完善内部财务、合同管理制度，避免因关联交易引发税务合规问题。
  

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