政府要求总包方替土方施工方代开发票的行为不合法，具体分析如下：

1. 从发票管理法规角度：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关规定，发票的开具应当由销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人自行开具。土方施工方作为提供土方施工服务的主体，应当自行开具发票给总包方，而不是由总包方代开。
   • 代开发票的行为可能违反发票管理规定，导致发票的真实性、合法性受到质疑，进而影响税收征管的正常进行。

2. 从税收征管角度：

   • 税收征管要求确保税款的准确计算和及时缴纳。如果总包方替土方施工方代开发票，可能导致税款的计算和缴纳出现混乱，如税款计算不准确、税款缴纳不及时等，从而损害国家税收利益。
   • 此外，代开发票还可能为土方施工方和总包方提供避税或逃税的机会，进一步损害税收公平和税收秩序。

3. 从合同关系角度：

   • 总包方和土方施工方之间通常存在施工合同关系，合同中应明确双方的权利和义务，包括发票的开具和交付等。政府要求总包方替土方施工方代开发票，可能违反了合同中的相关约定，导致合同关系的混乱和纠纷的产生。

建议：

• 总包方应拒绝政府的不合理要求，坚持要求土方施工方自行开具发票。
• 如果政府坚持要求代开发票，总包方可以向上级税务机关或相关部门反映情况，寻求合法合规的解决方案。
• 同时，总包方和土方施工方应加强沟通，明确双方在发票开具和交付方面的责任和义务，确保合同关系的顺利履行。

如有其他法律疑问，可以直接向我咨询。