结论：总包代发工资后，二包要求三包老板开票是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及发票开具的合法性以及工资支付方式的合规性。以下从不同角度进行分析：
一、发票开具的合法性
发票开具的基本要求：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。
- 在此场景中，若三包老板与二包之间存在真实的业务往来（如劳务分包、材料供应等），且三包老板作为收款方收到了二包的款项，那么三包老板有义务向二包开具相应的发票。
发票开具的合规性：
- 三包老板开具的发票应符合税法规定，包括发票的种类、内容、金额等应与实际业务相符。
- 若三包老板未开具发票或开具的发票不符合规定，可能面临税务机关的处罚，如罚款、滞纳金等。
二、工资支付方式的合规性
总包代发工资的合法性：
- 总包代发工资本身并不违法，只要总包、二包、三包之间有明确的协议或合同约定，且总包代发工资的行为符合相关法律法规的规定（如确保工资按时足额支付、代发过程中不克扣或挪用工资等）。
二包要求三包老板开票与工资支付的关系：
- 若二包要求三包老板开票是针对三包老板提供的劳务或材料等业务往来，而非直接针对工资支付，那么这一要求本身与工资支付方式无直接关联，但需确保发票开具的合规性。
- 若二包试图通过要求三包老板开票来规避或减轻其在工资支付方面的责任（如将工资支付转化为其他业务往来以逃避税务或劳动法规的监管），则这种行为可能涉嫌违法或违规。
三、综合分析与建议
对于三包老板：
- 应确保与二包之间的业务往来真实、合法，并按照税法规定开具发票。
- 若对二包的要求存在疑问或担忧，可咨询专业律师或税务机关以获取明确指导。
对于二包：
- 应明确要求三包老板开票的目的和依据，确保这一要求符合税法规定和业务实际。
- 不得利用要求开票来规避或减轻在工资支付方面的责任或义务。
对于总包：
- 若总包参与代发工资，应确保代发过程符合相关法律法规的规定，并保留好相关证据和记录。
- 可对二包和三包之间的业务往来和发票开具情况进行监督，以确保整个过程的合规性。
进一步思考：在实际操作中，总包、二包、三包之间的业务关系和资金往来可能较为复杂。因此，建议各方在签订合同时明确各自的权利和义务，包括工资支付方式、发票开具要求等，以避免后续纠纷的发生。若遇到具体问题或纠纷，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。