代发工资后开票给对方公司是否合法，需分情况讨论：

1. 若代发工资行为本身合法且符合税务规定
   若公司A受公司B委托，代为发放员工工资（例如因公司B无分支机构或财务便利性需求），且双方签订合法委托协议，明确工资发放标准、金额及税务处理方式，同时公司A按实际发放金额向公司B开具合法发票（如“人力资源服务*代发工资”），且公司B将该费用计入成本并依法申报纳税，则该行为合法。
   关键点：需确保工资发放的真实性、协议合法性、发票内容与业务实质一致，且双方均履行税务申报义务。

2. 若代发工资行为存在虚构或避税目的
   若公司A与公司B通过虚构代发工资业务，开具与实际不符的发票（如无真实业务支撑、金额虚高或低开），或利用代发工资转移利润、隐瞒收入以逃避税款，则可能构成虚开发票或偷税漏税，违反《发票管理办法》及《税收征收管理法》，面临罚款、滞纳金甚至刑事责任。
   典型风险：税务机关核查时，若发现工资发放记录与实际不符（如员工未收到工资、金额与合同差异大），或资金流向异常（如工资款最终回流至公司B），可能认定为违法。

3. 特殊情形：人力资源公司代发工资的合规性
   若公司A为持证的人力资源服务机构，受公司B委托代发工资并收取服务费，需按“人力资源服务”税目开具发票，同时公司B需将工资成本计入自身账目并代扣代缴个税。此模式下，若流程合规，则合法；若人力资源公司未实际提供服务仅“过票”，则仍属违法。

建议：

• 确保代发工资业务有真实交易背景，签订书面协议并留存工资发放记录（如银行流水、员工签字表）；
  
• 发票内容需与业务实质一致，避免开具“咨询费”“服务费”等笼统项目；
  
• 双方均需依法履行个税代扣代缴及企业所得税申报义务；
  
• 若涉及跨地区代发，需关注地方税务政策差异（如部分地区对异地代发工资有特殊要求）。
  

如有具体操作疑问或需进一步审查协议合规性，可直接向我咨询。