财务代理机构帮代理的公司代开发票是否合法，需分情况讨论：

1. 合法情形
   若财务代理机构仅基于真实业务背景，受公司委托代为办理发票开具手续（例如：公司因客观原因无法自行开具，委托代理机构以公司名义向税务机关申请代开），且符合以下条件，则属于合法行为：
   

• 业务真实发生，且与发票记载内容一致；
  
• 代理机构具备合法资质（如税务师事务所、会计师事务所等经税务机关认可的机构）；
  
• 严格遵循《发票管理办法》及税务机关的代开流程（如提交合同、付款凭证等证明材料）；
  
• 发票抬头、金额、税率等关键信息与实际业务完全一致。
  

1. 违法情形
   若财务代理机构存在以下行为，则涉嫌违法，可能构成虚开发票或非法代开发票：
   

• 无真实业务：虚构交易背景，为代理公司开具与实际经营无关的发票（如“空转”资金、虚构服务）；
  
• 超范围代开：代理机构超出税务机关授权范围，擅自以自身名义为他人开具发票；
  
• 篡改信息：伪造发票内容（如虚增金额、改变税率），或使用非法渠道获取的发票；
  
• 牟取利益：以代开发票为名收取“手续费”或“开票费”，且未依法纳税。
  

法律后果：
根据《发票管理办法》第二十二条，虚开发票（包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开）的，由税务机关没收违法所得，并处5万元至50万元罚款；构成犯罪的（如虚开增值税专用发票罪），依法追究刑事责任。

建议：
若公司需委托代理机构代开发票，务必确保业务真实、手续合规，并要求代理机构提供税务机关出具的代开证明或发票真伪查验结果。若发现代理机构存在违法操作，应立即终止合作并向税务机关举报。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。