关于员工离职后公司扣除社保费是否合法的问题，这确实是一个涉及法律条款和具体情境判断的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、结论概述
一般来说，公司在员工离职后扣除其应缴纳的社会保险费（即公司承担的部分）是不合法的。社会保险费由用人单位和职工共同缴纳，其中公司缴纳的部分是公司的法定义务，不能因员工离职而转嫁或扣除。
二、详细分析
公司缴纳社保的法定义务
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有义务按时足额为员工缴纳社会保险费，这包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等。
- 公司缴纳的社会保险费是其基于劳动关系为员工履行的社会责任，不能因员工离职而免除或转嫁。
离职后社保费用的处理
- 员工正常办理离职手续时，公司应当按照正常流程为员工缴纳社保至离职当月。
- 公司缴纳部分由公司承担，个人缴纳部分从员工工资中代扣代缴（如果尚未扣除）。
- 如果公司在员工离职后擅自扣除应由公司承担的社保部分，这属于违法行为，员工有权拒绝并维护自己的合法权益。
特殊情况下的处理
- 在极少数特殊情况下，如员工离职后公司因误操作多缴纳了本不应缴纳的月份社保费用，且公司能够提供明确证据并遵循合法程序与员工达成一致，那么公司可能可以扣除相应误缴费用（仅限于误缴部分且扣除合理）。
- 但这种情况非常罕见，且必须满足严格的条件，包括公司必须有明确证据证明误缴、必须与员工充分沟通并取得员工同意、扣除金额必须合理等。
三、员工应对建议
核实社保缴纳情况
- 员工在离职前应与公司确认社保缴纳情况，确保公司按时足额缴纳了应由其承担的社会保险费用。
- 离职后，员工也可以通过社保查询系统或向公司索要缴费记录等方式核实自己的社保缴纳情况。
与公司协商
- 如果发现公司有违法扣款行为，员工应首先与公司进行友好协商，要求公司纠正错误做法并返还不合理扣除的费用。
法律途径维权
- 如果协商无果或公司坚持违法扣款，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，劳动监察部门有权责令公司改正并退还扣除款项。
- 员工还可以选择申请劳动仲裁或通过法律途径维护自己的合法权益。
四、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，包括以保险名义扣除的费用。
- 《中华人民共和国社会保险法》指出，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。
综上所述，公司在员工离职后擅自扣除公司缴纳的社会保险费是不合法的。员工应了解自己的权益，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题，并在实际生活中运用相关知识保护自己的权益。