劳动者与用人单位达成经济补偿金协议后，一般不能直接向法院起诉，而是需要先经过劳动仲裁程序。以下是对这一问题的详细分析：
法律背景与规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议发生后，当事人可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，除法律另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。这意味着，在劳动争议领域，仲裁通常是诉讼的前置程序。经济补偿金争议作为劳动争议的一种，同样适用这一规定。
具体分析
仲裁前置原则：
- 劳动者与用人单位就经济补偿金达成协议后，如果发生争议，首先应当向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 仲裁委员会将依法对争议进行审理，并作出裁决。
起诉条件：
- 只有在劳动者对仲裁裁决不服，且符合法律规定的起诉条件时，才可以向人民法院提起诉讼。
- 起诉条件通常包括：仲裁裁决存在错误、仲裁程序违法、仲裁裁决超出仲裁范围等。
直接起诉的例外情况：
- 在某些特殊情况下，如用人单位出具的工资欠条等直接证据能够证明经济补偿金的存在和数额，且劳动者仅以工资欠条为证据直接向法院起诉的，法院可能会受理。但这种情况并不常见，且需要满足严格的条件。
法律建议
优先选择仲裁：
- 劳动者与用人单位就经济补偿金达成协议后发生争议，应首先考虑通过劳动仲裁解决。
- 仲裁程序相对简便、快捷，且成本较低，有助于快速解决争议。
准备充分证据：
- 在申请仲裁前，劳动者应收集并整理好相关证据，如劳动合同、工资单、经济补偿金协议等。
- 这些证据将有助于仲裁委员会更准确地了解争议事实，并作出公正裁决。
咨询专业律师：
- 如果劳动者对仲裁程序或法律条款存在疑问，可以咨询专业律师以获取更详细的法律建议。
- 律师将能够根据劳动者的具体情况，提供针对性的法律指导和帮助。
可能的法律后果
- 如果劳动者未经仲裁直接向法院起诉，且不符合法律规定的起诉条件，法院可能会裁定不予受理或驳回起诉。
- 这将导致劳动者需要重新申请仲裁，从而增加了解决争议的时间和成本。
综上所述，劳动者与用人单位达成经济补偿金协议后，一般应先通过劳动仲裁解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。