结论：公司称工作满20年的时间是在当年6月，所以当年年休假只能休12.5天的说法不一定合理，具体需结合员工实际的工作年限计算方式以及公司年休假制度来确定。以下从多个角度进行分析：
一、年休假天数的计算依据
根据《职工带薪年休假条例》第三条的规定，职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。这里的“已满20年”是指员工从参加工作之日起累计的工作年限，而非在某一特定公司的工作年限。
二、工作年限的计算方式
累计工作年限：员工在多个单位工作过的，其工作年限应累计计算。例如，员工在A公司工作了5年，在B公司工作了10年，在C公司工作了5年，那么其累计工作年限为20年，应享受15天的年休假。
当年工作年限的计算：对于新入职的员工或者工作年限跨年度的员工，其当年应享受的年休假天数，应按照在本单位剩余日历天数折算确定，折算后不足1整天的部分不享受年休假。但这一规定主要适用于新入职或离职的员工，对于工作年限已满20年的员工，在当年内应直接享受15天的年休假，除非其工作年限在当年内发生变化（如离职或退休）。
三、公司年休假制度的合规性
公司制度不得低于法定标准：公司制定的年休假制度不得低于《职工带薪年休假条例》规定的标准。如果公司制度中规定的年休假天数少于法定标准，那么该制度是违法的，员工有权要求按照法定标准享受年休假。
公司制度的解释与适用：如果公司制度中对于年休假天数的计算有特别规定（如按照入职本公司的时间计算工作年限），那么该规定应在不违反法律法规的前提下进行解释与适用。但即便如此，对于工作年限已满20年的员工，公司也不得擅自减少其年休假天数。
四、针对您情况的具体分析
如果您的累计工作年限已满20年：那么您在当年应享受15天的年休假，无论您是在当年6月还是其他时间达到这一工作年限。公司称只能休12.5天的说法是不合理的。
如果您的累计工作年限未满20年：但您在当年6月时在本公司的工作年限达到了某个特定标准（如10年），那么您应按照该标准享受相应的年休假天数。然而，这并不影响您在其他公司已累计的工作年限，也不影响您未来累计工作年限达到20年后享受15天年休假的权利。
如果公司制度有特别规定：且该规定不违反法律法规，那么您需要按照公司制度的规定来享受年休假。但即便如此，如果公司制度的规定低于法定标准，您仍有权要求按照法定标准享受年休假。
五、建议与行动
核实工作年限：首先，您需要核实自己的累计工作年限是否已满20年。这可以通过查看自己的工作经历记录、社保缴纳记录等方式来确认。
与公司沟通：如果确认自己的累计工作年限已满20年，但公司仍坚持只能休12.5天的年休假，那么您可以与公司进行沟通，明确表达自己的诉求和依据。
寻求法律援助：如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
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