结论：工资底薪降低，其他部分按补贴发放是否合法，需根据具体情况判断，若降低底薪后，整体工资水平不低于当地最低工资标准，且调整是基于合理的经营需要并与劳动者协商一致，则可能是合法的；反之，则可能不合法。以下从不同角度详细分析：
一、合法性判断的核心要素
最低工资标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。这是判断工资调整是否合法的首要标准。
- 如果降低底薪后，加上补贴等所有收入，劳动者的整体工资水平仍然不低于当地最低工资标准，那么这种调整在形式上可能是合法的。
协商一致原则：
- 工资调整属于劳动合同内容的变更，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。
- 如果用人单位在降低底薪前，已经与劳动者进行了充分的协商，并取得了劳动者的同意，那么这种调整在程序上可能是合法的。
合理性原则：
- 工资调整应当基于合理的经营需要，如公司经营状况恶化、市场环境变化等。
- 如果用人单位无法提供合理的经营需要作为调整工资的依据，或者调整工资的方式明显不合理（如突然大幅降低底薪），那么这种调整可能被视为不合法。
二、可能存在的法律风险
未达到最低工资标准：
- 如果降低底薪后，劳动者的整体工资水平低于当地最低工资标准，用人单位将面临支付差额工资、加付赔偿金等法律责任。
未协商一致：
- 如果用人单位在未与劳动者协商一致的情况下擅自降低底薪，劳动者有权要求用人单位按照原劳动合同约定的工资标准支付工资，并可能要求用人单位支付经济补偿金。
不合理调整：
- 即使调整后的工资水平不低于最低工资标准，且用人单位声称已经与劳动者协商一致，但如果调整方式明显不合理（如针对特定劳动者进行不公平的调整），也可能引发劳动争议。
三、建议与措施
对于用人单位：
- 在调整工资前，应充分评估调整的必要性和合理性，确保调整后的工资水平不低于当地最低工资标准。
- 与劳动者进行充分的协商，取得劳动者的同意，并签订书面协议确认调整内容。
- 保留相关证据，如协商记录、书面协议等，以备不时之需。
对于劳动者：
- 在面对工资调整时，应仔细了解调整的原因和依据，评估调整后的工资水平是否合理。
- 如果对调整有异议，应及时与用人单位进行沟通协商，表达自己的诉求和意见。
- 如协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
最后，工资底薪降低，其他部分按补贴发放是否合法，需根据具体情况进行综合判断。如果你或你所在的公司面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。