结论：合同可以直接约定预付款，即使招标文件未作约定，但需注意合同条款的合法性、合理性及与招标文件的衔接问题。以下从不同角度展开分析：

1. 合同自由原则：法律允许合同双方自行约定预付款

根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，双方可自由约定预付款条款（如金额、支付时间、条件等）。
例外情形：若招标项目属于依法必须招标的工程（如《招标投标法》第三条规定的项目），且招标文件明确“合同条款不得与招标文件实质性内容冲突”，此时合同中约定预付款可能因违反“实质性一致”原则被认定无效。但实践中，预付款通常不属于招标文件的“实质性内容”（如价格、工期、质量等），因此合同约定预付款的合法性一般不受影响。

2. 与招标文件的衔接：需避免“实质性背离”

• 非必须招标项目：招标文件未约定预付款时，合同约定预付款属于对招标文件的补充，合法有效。
  
• 必须招标项目：需审查招标文件是否明确禁止合同补充预付款条款。若未禁止，合同可约定；若禁止（如要求“合同条款与招标文件完全一致”），则合同约定预付款可能因违反招标程序被认定无效，但此类条款因排除对方权利、显失公平，实践中可能被法院或仲裁机构调整。

3. 实务建议：如何合法约定预付款

• 审查招标文件：确认是否对合同条款有限制性要求（如“合同条款不得增减”）。
  
• 明确预付款条款：在合同中详细约定预付款金额、支付条件（如提交履约保函后支付）、扣回方式（如按工程进度分期扣回）等，避免模糊表述。
  
• 留存书面证据：若招标文件未禁止预付款，建议通过补充协议或会议纪要等形式明确双方对预付款的合意，以备争议时举证。

4. 风险防范：若合同约定预付款被挑战

• 对方主张无效：若对方以“违反招标文件”为由主张预付款条款无效，需结合项目性质、招标文件具体条款、行业惯例等抗辩，证明预付款不属于“实质性内容”。
  
• 己方主张履行：若己方已支付预付款但对方拒不履行合同，可依据《民法典》第五百七十七条要求对方继续履行、赔偿损失，或依据预付款条款主张返还。

总结：合同可直接约定预付款，但需结合项目性质、招标文件要求综合判断条款效力。如有具体项目或条款需进一步分析，可直接向我咨询。