在建设工程施工合同纠纷案件中，经双方认可的后补工程资料，通常可以作为鉴定依据。以下从不同角度进行详细分析：

一、法律原则与规定

在建设工程合同纠纷中，证据的采纳与鉴定依据的确定，主要遵循《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释中关于证据的规定。一般来说，只要证据具有真实性、合法性和关联性，且能够证明案件事实，就可以被采纳作为鉴定依据。后补工程资料，如果经过双方认可，即表明双方对其真实性、合法性无异议，且该资料与案件事实具有关联性，因此通常可以作为鉴定依据。

二、后补工程资料的性质与效力

1. 真实性认可：后补工程资料，如果是在工程实施过程中或之后，由双方根据实际情况补充或完善的，且经过双方签字或盖章确认，那么其真实性通常得到双方的认可。这种认可不仅体现在资料的内容上，也体现在双方对资料形成过程的确认上。

2. 合法性考量：后补工程资料的合法性，主要取决于其形成过程是否违反法律法规的强制性规定。如果资料的形成过程合法，且内容不违反法律法规的禁止性规定，那么其合法性通常得到认可。

3. 关联性分析：后补工程资料与案件事实的关联性，是判断其能否作为鉴定依据的关键。如果资料能够直接或间接证明案件中的某个事实或争议点，那么其关联性就得到确认。

三、实践中的操作与考量

1. 双方协商一致：在实际操作中，后补工程资料能否作为鉴定依据，往往取决于双方是否协商一致。如果双方对资料的真实性、合法性和关联性均无异议，并同意将其作为鉴定依据，那么法院或仲裁机构通常会予以采纳。

2. 法院或仲裁机构的审查：即使双方对后补工程资料无异议，法院或仲裁机构在采纳该资料作为鉴定依据前，仍会进行必要的审查。审查内容主要包括资料的真实性、合法性和关联性，以及是否与其他证据相互印证等。

3. 鉴定机构的独立判断：鉴定机构在接受委托进行鉴定时，会根据其专业知识和经验，对后补工程资料进行独立判断。如果鉴定机构认为该资料具有鉴定价值，且符合鉴定要求，那么就会将其作为鉴定依据。

四、特殊情况下的处理

1. 一方提出异议：如果一方对后补工程资料的真实性、合法性或关联性提出异议，并提供了相应的证据或理由，那么法院或仲裁机构就需要对该异议进行审查。如果异议成立，那么该资料可能就不能作为鉴定依据。

2. 资料存在瑕疵：如果后补工程资料存在瑕疵，如签字不全、盖章不清等，但双方均认可其真实性，且该瑕疵不影响资料的主要内容和证明力，那么法院或仲裁机构仍可能将其作为鉴定依据。但在此情况下，可能会要求双方提供其他证据进行补强。

建议：在处理建设工程施工合同纠纷案件时，如果涉及后补工程资料作为鉴定依据的问题，建议双方尽量通过协商一致的方式确定资料的真实性和合法性。如果无法协商一致，可以寻求法院或仲裁机构的帮助，通过法律程序解决争议。同时，在形成后补工程资料时，也应注意资料的完整性和规范性，以避免后续争议的发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。