针对您提出的“就业协议不通过，档案怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，就业协议的不通过并不会直接影响您档案的存放和管理，关键在于您目前的就业状态以及档案的当前位置。
一、如果您的档案目前仍在学校：
暂未就业或选择灵活就业：若您暂未找到新的就业单位，或者选择灵活就业、自主创业等，您可以根据个人意愿，将档案转递至您的户籍所在地的公共就业人才服务机构。这样做的好处是，档案有了一个稳定的存放地，且公共就业人才服务机构会提供免费的档案基本公共服务。
继续求学：如果您计划继续深造，如考研、考博或出国留学，您可以根据具体情况选择将档案留校（如果学校允许且您符合留校条件）或转递至即将就读的学校（对于考研、考博）或户籍所在地的公共就业人才服务机构（对于出国留学）。
二、如果您的档案已经不在学校，而是在某个就业单位或人才服务机构：
与原单位协商：如果您的就业协议不通过是因为与原单位协商不一致或其他原因导致的，您可以尝试与原单位沟通，看是否可以暂时保留档案，或者按照原单位的指示将档案转递至指定的地点。
转递至新就业单位或人才服务机构：如果您已经找到了新的就业单位，且新单位同意接收您的档案，那么您可以按照新单位的要求，将档案从原单位或人才服务机构转递至新单位。如果新单位不接收档案，或者您尚未找到新的就业单位，那么您可以将档案转递至您户籍所在地的公共就业人才服务机构。
三、档案转递的注意事项：
严禁个人自带档案：根据相关规定，档案应当由档案管理部门通过机要通信、邮政特快专递或专人送取方式进行分类转递，严禁个人自带档案和保管自己的人事档案。因此，在档案转递过程中，您一定要确保档案是通过正规渠道进行转递的。
及时查询档案状态：档案转递后，您可以通过相关渠道（如邮政官网）查询档案的转递情况，确保档案已经安全到达指定的接收单位。
保持联系方式畅通：在档案转递过程中，您一定要保持联系方式畅通，以便接收单位在需要时能够及时与您取得联系。
综上所述，就业协议的不通过并不会直接影响您档案的存放和管理。关键在于您要根据自己的实际情况和就业状态，选择合适的档案存放地点，并确保档案通过正规渠道进行转递。如果您在档案转递过程中遇到任何问题或困惑，都可以随时咨询当地的公共就业人才服务机构或相关部门寻求帮助。