机关单位无权自行设定对员工的迟到罚款，此类规定缺乏明确的法律依据。具体分析如下：
从法律授权的角度：
- 根据我国现行法律法规，机关单位并非行政处罚的法定主体，无权自行设定罚款等行政处罚措施。罚款作为一种行政处罚，必须由法律、法规或规章明确授权的行政机关在法定职权范围内实施。机关单位若要对员工进行罚款，必须基于明确的法律、法规或规章的授权，否则将构成违法。
从劳动合同和内部规章制度的角度：
- 机关单位与员工之间的关系主要受劳动合同和内部规章制度的调整。虽然单位可以在内部规章制度中规定员工的考勤、纪律等事项，但这些规定必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。若单位在内部规章制度中擅自设定罚款条款，且该条款无法律、法规或规章的依据，则该条款可能因违法而无效。
从实际操作的角度：
- 即便机关单位在内部规章制度中设定了迟到罚款，员工也有权对此提出异议。员工可以首先与单位进行协商，要求单位撤销或修改违法的罚款规定。若协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对单位的违法行为进行查处。在极端情况下，员工还可以通过法律途径，如提起劳动仲裁或诉讼，来维护自己的合法权益。