关于“因迟到罚款单位是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益和公司管理规定的常见疑问。以下是对此问题的详细解答：

一、单位罚款权的法律依据

1. 一般情况：自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权力。根据《中华人民共和国立法法》和《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，对财产的处罚应由法律、法规和规章来设定，用人单位通常无权在内部规章制度中自行设定罚款条款。

2. 特殊情形：然而，在特定情况下，单位采取的经济措施可能被认定为合法。例如，如果单位依法制定的规章制度中明确规定，迟到会影响员工的绩效考核，进而影响绩效工资的发放，并且这些规定不违反法律法规，那么这种做法通常被认为是合法的。因为绩效工资与员工的工作表现直接相关，单位有权根据员工的表现进行考核和调整。

二、员工迟到与单位经济损失

如果员工的迟到行为直接给单位造成了经济损失，并且双方在劳动合同中有相关的赔偿约定，那么单位可以要求员工按照约定进行赔偿。但需要注意的是，赔偿的金额必须符合《工资支付暂行规定》，即每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地的最低工资标准。

三、员工权益保护

1. 协商解决：如果员工认为单位的罚款行为不合法，首先应与单位进行协商解决。

2. 法律途径：如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

四、合同与员工手册的规定

1. 合法性：如果员工手册或劳动合同中明确规定了迟到罚款的条款，并且这些条款不违反法律法规（如罚款金额合理、未违反最低工资标准等），那么单位有权按照这些规定执行。

2. 不合理条款：但如果这些规定未提前告知员工、罚款过高或不合理，甚至违反了相关法律法规，那么员工有权向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径来解决争议。

五、总结与建议

综上所述，单位对迟到员工进行罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。建议用人单位在制定相关规章制度时，确保其内容合法、合理，并充分保障员工的合法权益。同时，员工在面临此类问题时也应了解自己的法律权益，并通过合法途径来维护自身利益。如果双方能够建立良好的沟通与协商机制，将有助于减少因迟到罚款而引发的劳动争议。