竞业禁止协议中约定的经济补偿占工资的5%这一做法，并不直接决定其合法性，关键在于该补偿是否符合法律法规规定的标准。以下是对此问题的详细分析：

一、竞业禁止协议经济补偿的法定标准

根据《劳动合同法》及相关司法解释，竞业禁止协议中用人单位应向劳动者支付的经济补偿，其标准通常与劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资相关联。具体来说，经济补偿的数额应不低于劳动合同解除或者终止前十二个月平均工资的30%，且不得低于劳动合同履行地最低工资标准。这是法律对竞业禁止协议经济补偿的最低要求，旨在保障劳动者在竞业限制期间的基本生活需求。

二、5%补偿比例的合法性分析

1. 若5%低于法定最低标准：

   • 如果竞业禁止协议中约定的经济补偿占工资的比例低于上述法定最低标准（即低于劳动合同解除或者终止前十二个月平均工资的30%，或低于当地最低工资标准），则该约定可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。
   • 在这种情况下，劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付经济补偿，或者选择不履行竞业禁止义务。

2. 若5%符合或高于法定最低标准：

   • 如果竞业禁止协议中约定的经济补偿占工资的比例符合或高于上述法定最低标准，则该约定在法律上是有效的。
   • 然而，即使如此，劳动者和用人单位在签订竞业禁止协议时，也应充分考虑经济补偿的合理性、充分性以及竞业限制的范围、期限等因素，以确保协议的公平性和可执行性。

三、实际操作中的建议

1. 对于劳动者：

   • 在签订竞业禁止协议前，应仔细阅读协议条款，特别是关于经济补偿的部分，确保自己了解并接受协议中的约定。
   • 如果对经济补偿的数额有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商，争取达成更合理的协议。

2. 对于用人单位：

   • 在制定竞业禁止协议时，应确保经济补偿的数额符合法律法规的规定，避免因补偿过低而引发法律纠纷。
   • 同时，用人单位也应考虑竞业限制的范围、期限等因素，确保协议的公平性和可执行性，以维护自身的合法权益。

总结来说，竞业禁止协议中约定的经济补偿占工资的5%是否合法，取决于该补偿是否符合法律法规规定的最低标准。如果低于法定标准，则可能无效；如果符合或高于法定标准，则有效。但无论如何，双方在签订协议时都应充分考虑各种因素，确保协议的公平性和可执行性。如果你在这方面还有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。