结论：二审发回重审后，检察院补充起诉原次要责任人被指认为直接责任人，这一情况是否构成新的犯罪事实，需结合具体证据和法律规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
从犯罪事实的定义来看：
- 犯罪事实是指犯罪行为及其结果的客观存在，包括犯罪的时间、地点、方法、后果等要素。在刑事诉讼中，犯罪事实的认定需要依据充分的证据。
- 如果检察院在二审发回重审后，补充起诉原次要责任人被指认为直接责任人，是基于新发现的证据，且这些证据能够证明该责任人确实实施了直接犯罪行为，那么这一情况就构成了新的犯罪事实。
从证据的角度来看：
- 证据是认定犯罪事实的基础。如果检察院能够提供新的证据，如证人证言、物证、书证等，证明原次要责任人实际上参与了直接犯罪行为，并且这些证据在之前的诉讼程序中未被提出或未被充分审查，那么这些新证据就支持了新的犯罪事实的认定。
- 反之，如果检察院补充起诉的依据仅仅是原有证据的重新解读或推断，而没有新的实质性证据支持，那么这一情况可能不被视为新的犯罪事实。
从法律程序的角度来看：
- 二审发回重审意味着案件需要重新进行审理，包括对事实的重新认定和法律的适用。在重审过程中，检察院有权根据新发现的证据或情况补充起诉。
- 如果检察院补充起诉的内容确实构成了新的犯罪事实，那么法院将需要对这一新事实进行审理，并根据审理结果作出相应的判决。
从实践中的操作来看：
- 在实际操作中，检察院补充起诉原次要责任人被指认为直接责任人，通常会伴随着新证据的提交。法院在审理时，会仔细审查这些新证据，判断其是否足以支持新的犯罪事实的认定。
- 如果法院认为新证据充分、确凿，能够证明原次要责任人确实实施了直接犯罪行为，那么法院将可能认定新的犯罪事实，并据此作出判决。
法律建议：
- 对于被告方而言，如果面临检察院补充起诉的情况，应积极准备辩护材料，针对新证据进行充分质证和辩论，以维护自己的合法权益。
- 同时，被告方也可以考虑申请调取新的证据或申请证人出庭作证，以支持自己的辩护观点。
可能后果：
- 如果法院认定新的犯罪事实成立，被告方可能面临更重的刑事处罚。
- 如果法院认为新证据不足以支持新的犯罪事实的认定，那么被告方可能维持原有的判决结果或获得更轻的处罚。
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