被扣年薪离职，一般是可以申请劳动仲裁的。以下从多个角度为你详细分析：
法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的因确认劳动关系，因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同，因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护，因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，均适用该法。被扣年薪显然属于因劳动报酬发生的争议，因此，劳动者有权依法申请劳动仲裁。
具体情形分析
年薪被扣的合法性：
- 如果用人单位扣减年薪有合法依据，如劳动者违反公司规章制度、给公司造成损失等，且扣减的幅度和方式符合劳动合同或公司规章制度的规定，那么这种扣减可能是合法的。但即便如此，用人单位也需要承担举证责任，证明扣减的合法性和合理性。
- 如果用人单位无正当理由扣减年薪，或者扣减的幅度和方式违反了劳动合同或公司规章制度的规定，甚至违反了法律法规的强制性规定，那么这种扣减就是违法的。
离职后的仲裁权利：
- 无论劳动者是否离职，只要其认为用人单位的行为侵犯了其合法权益，都有权依法申请劳动仲裁。离职并不影响劳动者主张其被扣年薪的权利。
- 劳动者在离职后申请劳动仲裁时，需要提供相关证据证明用人单位存在扣减年薪的行为，以及扣减的幅度和方式违反了劳动合同或公司规章制度的规定。
法律建议与行动指南
收集证据：
- 劳动者在申请劳动仲裁前，应尽可能收集相关证据，如劳动合同、工资条、银行转账记录、公司规章制度、扣减年薪的通知或决定等。
- 这些证据将有助于证明用人单位存在扣减年薪的行为，以及扣减的幅度和方式是否合法。
申请劳动仲裁：
- 劳动者在收集到足够证据后，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 申请劳动仲裁时，需要提交仲裁申请书、相关证据材料以及身份证明等文件。
寻求法律援助：
- 如果劳动者在申请劳动仲裁过程中遇到困难或问题，可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。
- 作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和代理服务，帮助你维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 如果劳动仲裁委员会认定用人单位存在扣减年薪的违法行为，那么用人单位可能需要承担补发工资、支付经济补偿金或赔偿金等法律责任。
- 如果劳动者对劳动仲裁结果不服，还可以依法向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
综上所述，被扣年薪离职是可以申请劳动仲裁的。如果你遇到了类似的问题，建议尽快收集证据并申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。