结论：劳动仲裁超过一年，对于违法扣工资的情况，一般而言，劳动者可能因超过仲裁时效而丧失胜诉权，但存在特殊情形时，仍可尝试申请仲裁。

详细分析：

1. 仲裁时效的一般规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，如果劳动者在知道或应当知道公司违法扣工资之日起一年内未申请仲裁，那么从法律上讲，劳动者可能因超过仲裁时效而丧失胜诉权。

2. 特殊情形的考虑：

   • 时效中断：在仲裁时效期间内，如果因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断，那么从中断时起，仲裁时效期间重新计算。因此，如果劳动者在一年内曾向公司主张过权利，或者向相关部门请求过权利救济，那么仲裁时效可能会因此中断并重新计算。
   • 时效中止：因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。这意味着，如果劳动者因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他正当理由（如严重疾病、意外事件等）无法在一年内申请仲裁，那么仲裁时效可能会因此中止，并在原因消除后继续计算。

3. 申请仲裁的准备与流程：

   • 证据准备：尽管可能面临仲裁时效的问题，但劳动者在申请仲裁前仍需收集并整理相关证据，如劳动合同、工资条、银行工资流水明细、考勤记录以及公司扣工资的相关通知或记录等。这些证据将用于证明与公司存在劳动关系以及公司存在违法扣工资的事实。
   • 仲裁申请书：劳动者需提交书面仲裁申请书，详细载明个人信息、用人单位信息、仲裁请求及所依据的事实和理由，同时附上证据清单和来源说明。
   • 申请流程：劳动者应向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交申请材料。仲裁委员会将在收到申请后五日内进行审查，决定是否受理。若受理，将及时通知劳动者并送达申请书副本给用人单位；若不受理，将说明理由。后续流程包括开庭审理、质证、调解与裁决等。

4. 可能的法律后果：

   • 支持劳动者请求：如果仲裁委员会认定公司存在违法扣工资行为，且劳动者未超过仲裁时效或存在时效中断、中止的情形，那么仲裁委员会将裁决公司支付被扣除的工资，并可能根据具体情况要求公司支付一定比例的赔偿金或经济补偿。
   • 驳回劳动者请求：如果劳动者超过仲裁时效且不存在时效中断、中止的情形，或者劳动者证据不足或公司能提供合理扣工资理由和依据，那么仲裁委员会可能驳回劳动者的仲裁请求。但这并不意味着劳动者无法继续维权，他们仍可通过其他法律途径（如诉讼）寻求救济。

建议：

• 劳动者在发现公司违法扣工资后，应尽快收集证据并申请仲裁，以避免超过仲裁时效。
• 如果劳动者因特殊原因无法在一年内申请仲裁，应尽快咨询专业律师，了解是否存在时效中断、中止的情形，并据此采取相应的法律措施。
• 在申请仲裁过程中，劳动者应充分准备证据材料、遵循法定程序，并积极参与庭审过程。

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