结论：政府机关单位对于低于100万的采购项目，通过线下比价后直接选取供应商，这一做法是否合法合规，需结合具体情形判断，若符合相关法律法规及内部采购制度规定，则是合法合规的；若未遵循规定程序或存在违规操作，则可能不合法合规。以下从多个角度进行分析：
一、法律法规层面
政府采购法相关规定：
- 根据《中华人民共和国政府采购法》及相关规定，政府采购应当遵循公开透明原则、公平竞争原则、公正原则和诚实信用原则。对于采购项目的具体操作方式，法律并未一概而论地禁止线下比价或直接选取供应商，但要求采购过程必须公开、公平、公正，且符合法定程序。
- 对于低于一定金额的采购项目（如低于100万），法律可能规定了更为灵活的采购方式，如询价采购、竞争性谈判等，但并未排除线下比价的可能性，只要这种方式能够确保采购的公开、公平、公正。
内部采购制度：
- 政府机关单位通常会有自己的内部采购制度，这些制度可能对采购项目的金额、采购方式、供应商选择等作出具体规定。如果内部采购制度允许对于低于100万的采购项目通过线下比价后直接选取供应商，且该制度符合法律法规的要求，那么这种做法就是合法合规的。
二、实际操作层面
线下比价的合法性：
- 线下比价本身并不违法，关键在于比价过程是否公开、公平、公正，以及是否能够确保供应商之间的充分竞争。如果比价过程存在暗箱操作、利益输送等违规行为，那么这种做法就是不合法的。
直接选取供应商的合法性：
- 直接选取供应商是否合法，取决于选取过程是否遵循了法定程序或内部采购制度的规定。如果选取过程是基于合理的比价结果，且符合相关法律法规和内部采购制度的要求，那么直接选取供应商就是合法的。
三、合规性建议
完善采购制度：
- 政府机关单位应制定完善的采购制度，明确采购项目的金额划分、采购方式的选择、供应商的选择标准等，确保采购过程的公开、公平、公正。
加强监督与管理：
- 加强对采购过程的监督与管理，确保比价过程、供应商选择等关键环节符合法律法规和内部采购制度的要求，防止违规操作的发生。
保留相关证据：
- 在采购过程中，应保留好比价记录、供应商报价单、选取供应商的决策依据等相关证据，以备后续审计或检查时使用。
举例说明：假设某政府机关单位有一项低于100万的采购项目，该单位按照内部采购制度的规定，通过线下比价的方式邀请了多家供应商进行报价，并最终根据比价结果选择了报价合理、服务优质的供应商。在这个过程中，比价过程公开透明，供应商之间充分竞争，且选取供应商的决策依据充分合理。那么，这种做法就是合法合规的。
后续行动建议：如果您对政府机关单位的采购项目合法性有进一步疑问，或者需要具体的法律指导，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。