您可以明确提出不同意仅以公章、合同章作为检材进行鉴定，理由如下：

1. 检材不全面，无法准确反映真实情况
   公章、合同章的鉴定仅能确认文件上印章的真实性，但无法直接证明签署人（人名部分）的真实性。若对方仅提供印章作为检材，可能刻意回避对签署人笔迹的鉴定，从而掩盖文件真实性争议的关键环节。例如，若文件上的签名系伪造，仅鉴定印章无法发现这一问题，可能导致鉴定结论片面，损害您的合法权益。

2. 鉴定范围应覆盖全部争议要素
   根据司法鉴定实践，文件真实性鉴定通常需同时检验印章和签署人笔迹。若对方仅选择印章作为检材，可能违反鉴定程序完整性要求。您可主张：鉴定应围绕“文件整体真实性”展开，包括印章、签名、形成时间等关键要素，否则鉴定结论不具有全面性和客观性。

3. 可能存在恶意规避关键证据的情形
   若您有合理理由怀疑对方故意不提供签名样本（如签署人已否认签名真实性），可主张对方行为涉嫌恶意规避鉴定。此时，您可要求法院责令对方补充提交签名检材，或申请由法院直接调取相关样本（如签署人此前签署的其他文件），以确保鉴定程序公正。

具体操作建议：

• 书面提出异议：在鉴定程序启动前或检材提交阶段，向法院提交书面意见，明确反对仅鉴定印章，并说明理由（如上述三点）。
  
• 申请补充检材：同步要求对方提供签署人的笔迹样本，或申请法院调取存档文件中的签名作为比对样本。
  
• 强调鉴定目的：明确鉴定应服务于“文件整体真实性”的查明，而非仅限于印章真伪，避免鉴定结论被片面解读。
  

若对方坚持仅鉴定印章，您可进一步主张：因检材不全面导致鉴定结论无法采信，并申请重新鉴定或要求法院结合其他证据综合判断文件效力。