结论：公司签劳务协议但交社保的行为，在法律上存在一定合理性，但需结合具体用工情形判断是否完全合法，关键在于双方实际法律关系是否符合劳务协议的定性。以下是具体分析：

1. 法律关系定性是核心前提

根据《劳动合同法》及《民法典》相关规定，劳动关系与劳务关系存在本质区别：

• 劳动关系：受《劳动合同法》调整，用人单位需承担缴纳社保、支付加班费、经济补偿等义务，双方存在管理与被管理关系。
• 劳务关系：受《民法典》调整，双方为平等民事主体，一般无需缴纳社保，劳务报酬按约定支付，无经济补偿等法定责任。

关键点：若双方实际符合劳动关系特征（如公司对劳动者进行考勤管理、提供劳动工具、按月支付工资等），即使签订的是劳务协议，仍可能被认定为事实劳动关系，此时公司缴纳社保是法定义务，行为合法；但若双方确为劳务关系（如退休返聘、临时性用工等），则公司无需缴纳社保，此时缴纳社保虽不违法，但可能引发其他争议（如劳务报酬是否包含社保费用等）。

2. 实务中常见的合法与风险情形

（1）合法情形：

• 退休返聘人员：已享受养老保险待遇的退休人员与公司签订劳务协议，公司自愿为其缴纳商业保险或补充医保，不违反法律规定。
• 非全日制用工：若符合非全日制用工标准（如每日工作不超过4小时、周累计不超过24小时），公司可签订劳务协议并缴纳社保（非强制，但可自愿缴纳）。
• 临时性、辅助性用工：如公司为完成特定项目临时雇佣人员，双方明确约定为劳务关系且无劳动关系特征，公司缴纳社保可能被视为额外福利。

（2）风险情形：

• 名为劳务实为劳动关系：若公司对劳动者进行严格管理（如考勤、考核、培训等），按月支付工资且劳动者受公司规章制度约束，即使签订劳务协议，仍可能被认定为劳动关系。此时公司未缴纳社保将面临劳动监察处罚（如补缴社保、加收滞纳金），劳动者也可主张经济补偿。
• 社保缴纳基数争议：若公司按劳务协议约定金额缴纳社保，但该金额低于劳动者实际工资，可能因“未足额缴纳社保”被要求补缴差额。

3. 给用人单位与劳动者的建议

（1）对用人单位：

• 明确用工性质：签订协议前，需根据实际用工情形判断是劳动关系还是劳务关系，避免“名实不符”。
• 完善协议条款：若为劳务关系，应在协议中明确双方权利义务（如劳务内容、报酬、工作时间、免责条款等），避免模糊表述。
• 合规缴纳社保：若被认定为劳动关系，必须依法缴纳社保；若为劳务关系，可自愿缴纳但需明确费用承担方（如是否从劳务报酬中扣除）。

（2）对劳动者：

• 保留证据：注意保存工资支付记录、考勤记录、工作证等证据，以证明实际法律关系。
• 主张权益：若认为被错误认定为劳务关系，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求确认劳动关系并补缴社保。

总结：公司签劳务协议但交社保的行为是否合法，需结合双方实际法律关系判断。若您对此有进一步疑问（如具体用工情形是否符合劳动关系、如何完善协议条款等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细解答。