关于公司部门制定规章进行考核是否合法的问题，这需要从多个方面来综合考量。

首先，规章制度的制定主体是关键。根据《劳动法》和《劳动合同法》的规定，劳动规章制度的主体应当是用人单位，而非某个部门或个人。因此，如果仅仅是公司部门自行制定并实施考核规章，而没有以公司的名义进行发布和公示，那么这样的规章制度在主体上就存在效力风险。

其次，规章制度的内容必须合法。规章制度中的各种规范不得与法律相违背，特别是不得违反《劳动合同法》、《劳动法》等相关法律法规。如果部门制定的考核规章中有违反法律法规的条款，那么这些条款就是无效的，不能对员工产生约束力。

再者，规章制度的内容应当合理。用人单位在制定规章制度时，应当根据同等情况下的普通要求进行人性的判断，制定合乎常理的规章制度。如果部门制定的考核规章过于苛刻或不合理，可能会引发员工的反感和抵触，甚至可能引发劳动争议。

此外，规章制度的制定和确认需要经过民主程序。这包括民主讨论和民主确定，讨论需要全体员工或者职工代表参与，并且由单位与工会或者是职工协商确定规章制度的文本。如果部门制定的考核规章没有经过这样的民主程序，那么其合法性和有效性也会受到质疑。

最后，规章制度应该向全体员工进行公示。如果没有向员工进行公示，那么对员工是不具备约束力的。企业必须明确，制度的公示或者告知是规章制度得以执行的保证。

如果公司部门制定的考核规章在以上任何一个方面存在问题，都可能导致其不合法或无效。如果这样的规章制度侵害了劳动者的合法权益，用人单位还应当承担相应的法律责任，包括由劳动行政部门给予警告、责令改正，以及对劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。

因此，建议公司在制定考核规章时，应当遵循法律法规的规定，确保规章制度的合法性、合理性和有效性，并经过民主程序进行讨论和确定，最后向全体员工进行公示。这样才能确保规章制度的合法性和有效性，避免引发劳动争议和法律风险。