正式员工自离，企业一般不能随意扣工资，但在特定情形下可以合理扣除部分工资。以下从不同角度为你详细分析：

一般情况下的工资支付

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条以及《中华人民共和国劳动合同法》第三十条的规定，劳动者提供正常劳动后，用人单位有义务按月以货币形式支付相应的工资报酬。这意味着，即便劳动者选择自行离职（自离），对于其实际工作期间所产生的劳动成果，用人单位也应当按照约定支付工资，不得无故克扣或拖欠。

特殊情形下的工资扣除

1. 给单位造成经济损失
   • 如果劳动者的自离行为给用人单位造成了直接经济损失，且用人单位能够证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者进行赔偿。这种赔偿可以从劳动者的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。
   • 例如，小李在某企业工作，因自离导致企业一项重要业务延误，给企业造成了5000元的经济损失。小李当月工资为3000元，那么企业每月最多只能从小李工资中扣除600元（3000×20% = 600）作为赔偿，且扣除后小李剩余工资不得低于当地最低工资标准。
2. 未提前通知的代通知金（需合同有约定且不违法）
   • 如果劳动合同中有明确约定，劳动者未提前通知用人单位而擅自离职需要支付相当于一定时间工资的代通知金，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据约定扣除相应金额。不过，各地司法实践对于这种约定的效力认定可能存在差异。
   • 比如，小张与企业签订的劳动合同中约定，员工离职需提前30天通知，若未提前通知需支付一个月工资作为代通知金。小张未提前通知就自离，若该约定合法有效，企业可能依据此扣除小张一个月工资，但这种情况在实践中存在争议，需结合具体司法实践判断。
3. 工作交接未完成
   • 员工未完成工作交接可能导致公司业务受阻或产生额外成本。用人单位可要求员工承担因未交接造成的合理损失，但需通过协商或法律途径解决，而非直接扣发工资。
   • 例如，小王自离时未将手头的重要客户资料交接给同事，导致企业后续与客户沟通出现问题，产生了一定的业务损失。企业不能直接从小王工资中扣除损失金额，而应先与小王协商赔偿事宜，若协商不成可通过劳动仲裁等法律途径解决。
4. 违反保密义务或竞业限制
   • 若员工离职后泄露商业秘密或违反竞业限制协议，用人单位可通过法律手段追责。此类情况不直接影响工资发放，但若因此造成损失，用人单位可主张赔偿。
   • 比如，小赵从企业离职后，违反竞业限制协议到竞争对手公司工作，给原企业造成了经济损失。原企业不能因此不支付小赵在职期间的工资，但可以就小赵违反竞业限制协议造成的损失向小赵主张赔偿。
5. 公司制度明确规定的合法扣款
   • 部分公司通过民主程序制定的规章制度中，可能包含对旷工、失职等行为的罚款条款。此类扣款需符合法定条件（如扣款金额不超过月工资20%），且需在劳动合同中明确告知。
   • 例如，某企业规章制度规定，员工旷工一天扣除当天工资的200%，但这种规定可能因超过法定扣款比例而不合法。若规定员工旷工一天扣除当天工资，且该员工月工资为5000元，当天工资为200元，那么扣除200元是合法的，但如果扣除400元就超过了当月工资的20%，是不合法的。

劳动者的权益保障

用人单位在扣除工资时，必须有明确的法律依据或合同约定，并且要遵循法定程序。如果劳动者认为用人单位克扣工资的行为不合理或不合法，首先可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总之，自离是否会扣工资不能一概而论，要结合具体情况判断。如果你在工资福利方面还有其他疑问，欢迎直接向我咨询。