动物运输未经指定通道，将面临行政处罚，具体处罚措施需根据违法情节的严重程度以及相关法律法规的规定来确定。以下从不同角度详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，运输动物的车辆应当按照国务院农业农村主管部门的规定进行备案，并且应当按照指定的路线和通道运输动物。这是为了防止动物疫病的传播，保障公共卫生安全。

2. 处罚措施：

   • 一般情节：如果运输动物未经指定通道，但尚未造成严重后果的，动物卫生监督机构通常会责令改正，并可能处以罚款。罚款的数额会根据违法情节的严重程度、运输动物的种类和数量、是否造成疫病传播风险等因素来综合确定。
   • 严重情节：如果未经指定通道运输动物的行为导致了动物疫病的传播或者有传播严重危险的，那么除了罚款之外，还可能面临更严厉的处罚，如吊销动物检疫证明、没收违法所得等。在极端情况下，如果行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

3. 实际操作中的考虑因素：

   • 在实际操作中，动物卫生监督机构在作出处罚决定时，会综合考虑多种因素，包括违法者的主观故意程度、违法行为的持续时间、运输动物的种类和数量、是否采取了补救措施等。
   • 如果违法者能够积极配合调查，主动改正违法行为，并采取有效措施消除或者减轻违法后果的，动物卫生监督机构可能会依法从轻或者减轻处罚。

4. 建议与提醒：

   • 对于从事动物运输的企业和个人来说，务必严格遵守相关法律法规的规定，按照指定的路线和通道运输动物，确保动物疫病的防控工作得到有效落实。
   • 如果在运输过程中遇到任何问题或者需要了解相关法律法规的具体内容，建议及时咨询专业的法律人士或者动物卫生监督机构，以避免因违法而受到不必要的处罚。