结论：申请人以未签订电子合同为由否认存在仲裁协议进而申请撤裁，这一做法是否合理，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 仲裁协议的成立与形式：

   • 仲裁协议是双方当事人自愿将他们之间的争议提交仲裁解决的书面协议。根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁协议应当具有书面形式，口头达成的仲裁意思表示无效。电子合同，如果其内容符合仲裁协议的实质要件，且双方当事人均认可其真实性、合法性和有效性，那么电子合同中的仲裁条款同样可以构成有效的仲裁协议。
   • 分析：如果电子合同中的仲裁条款明确、具体，且双方当事人在电子合同签订过程中均表达了通过仲裁解决争议的真实意愿，那么即使是以电子形式存在，该仲裁条款也是有效的。此时，申请人以未签订“传统意义上的纸质合同”为由否认仲裁协议的存在，显然是不合理的。

2. 电子合同的法律效力：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，符合法律规定的电子合同与纸质合同具有同等的法律效力。电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。
   • 分析：如果电子合同本身是合法有效的，且其中的仲裁条款也符合法律要求，那么该仲裁条款同样具有法律效力。申请人不能仅因合同形式为电子版就否认其法律效力，进而否认仲裁协议的存在。

3. 撤裁申请的合理性判断：

   • 撤裁申请通常基于仲裁程序违法、仲裁员腐败、仲裁协议无效等法定理由。如果申请人仅以未签订电子合同为由申请撤裁，而未能提供其他充分证据证明仲裁协议无效或仲裁程序存在违法情形，那么其撤裁申请很可能不会被支持。
   • 分析：在判断撤裁申请的合理性时，法院或仲裁机构会综合考虑多种因素，包括仲裁协议的成立与形式、电子合同的法律效力、仲裁程序的合法性等。如果申请人无法提供充分证据支持其撤裁理由，那么其申请很可能被视为不合理。

4. 实践中的考量因素：

   • 在实践中，法院或仲裁机构在审查撤裁申请时，还会考虑双方当事人的交易习惯、行业惯例以及电子合同签订过程中的具体操作等因素。这些因素可能影响对仲裁协议有效性的判断。
   • 分析：例如，如果双方当事人长期通过电子方式签订合同并约定仲裁条款，且该方式已成为行业惯例或双方交易习惯，那么即使某次交易中的电子合同未明确提及仲裁条款，法院或仲裁机构也可能根据双方当事人的真实意愿和交易习惯认定仲裁协议的存在。

建议：对于申请人而言，如果确实认为仲裁协议无效或存在其他撤裁理由，应当积极收集相关证据并咨询专业律师的意见。同时，也应当尊重电子合同的法律效力，避免仅因合同形式而轻易否认仲裁协议的存在。如果双方对仲裁协议的有效性存在争议，可以通过法律途径解决，由法院或仲裁机构作出最终裁决。

进一步思考：在电子合同日益普及的今天，如何确保电子合同中的仲裁条款得到有效执行和认可，是法律实践中的一个重要问题。双方当事人在签订电子合同时，应当特别注意仲裁条款的明确性和具体性，以确保在发生争议时能够顺利通过仲裁解决。同时，法律也应当不断完善相关制度，以适应电子合同发展的需要。