企业违规操作造成人员死亡，主要由安全生产监督管理部门和负有安全生产监督管理职责的有关部门进行处理，同时可能涉及公安机关、检察机关和法院的介入。以下是详细分析：
安全生产监督管理部门及负有安全生产监督管理职责的有关部门：
- 事故报告与应急响应：企业发生安全事故后，应立即向事故发生地的县级以上人民政府安全生产监督管理部门和负有安全生产监督管理职责的有关部门报告。这些部门在接到报告后，会迅速启动应急响应机制，组织救援和调查工作。
- 事故调查：安全生产监督管理部门会牵头组织事故调查组，对事故原因、经过、损失等进行全面调查。调查组通常包括政府、安监、监察、公安、工会等多方代表，并可能聘请专家参与。
- 行政处罚：根据调查结果，如果认定企业存在违规操作行为，安全生产监督管理部门将依法对企业进行行政处罚，如罚款、停产整顿等。
公安机关：
- 刑事立案侦查：如果事故涉及刑事犯罪，如重大责任事故罪、重大劳动安全事故罪等，公安机关将依法立案侦查，追究相关责任人的刑事责任。
- 现场保护与证据收集：在事故发生后，公安机关会迅速到达现场，保护事故现场，收集相关证据，为后续的刑事侦查工作提供支持。
检察机关：
- 法律监督：检察机关作为法律监督机关，会对事故调查和处理过程进行监督，确保调查工作的合法性和公正性。
- 提起公诉：如果公安机关侦查终结后认为需要追究刑事责任，检察机关将依法审查起诉，向法院提起公诉。
法院：
- 刑事审判：对于检察机关提起公诉的刑事案件，法院将依法进行审判，根据事实和法律作出判决。
- 民事赔偿判决：在事故处理过程中，如果涉及民事赔偿问题，法院也会根据相关法律法规和当事人的诉讼请求，作出民事赔偿判决。
法律后果与建议：
- 刑事责任：企业违规操作造成人员死亡，可能构成重大责任事故罪或重大劳动安全事故罪，相关责任人将面临三年以下有期徒刑或拘役，情节特别恶劣者可达三年以上七年以下有期徒刑。
- 行政处罚：企业可能面临20万元以上50万元以下的罚款，同时企业主要负责人若未履行安全生产管理职责，将导致撤职处分，构成犯罪的还将追究刑事责任，并可能面临五年内不得担任生产经营单位主要负责人的限制及上一年年收入30%的罚款。
- 民事赔偿责任：企业需对死者家属承担民事赔偿责任，赔偿项目包括死亡赔偿金、丧葬费、被扶养人生活费等。
建议：
- 立即报告与应急救援：事故发生后，企业应立即报告并启动应急预案，组织抢救遇险人员，保护事故现场。
- 积极配合调查：企业应积极配合事故调查工作，如实提供事故相关情况和资料。
- 承担法律责任与整改预防：企业应依法承担法律责任，并根据事故调查组提出的防范和整改措施建议，制定详细的整改方案，加强安全教育，提高安全生产水平。
企业在面对此类事故时，务必保持冷静，积极应对，依法承担责任，并采取有效措施防止类似事故再次发生。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。