结论：公司因自身原因导致员工休息两天并扣减工资的行为，在大多数情况下是不合理的，具体是否合法需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律角度
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法定或约定的原因，公司不得随意扣减员工工资。
休息与工资关系：
- 如果员工因公司原因（如设备故障、生产调整等）而休息，且这种休息并非员工主动申请或过错导致，那么公司应当支付员工正常工作期间的工资。因为员工并未违反公司规定或劳动合同，也没有因个人原因导致无法工作。
例外情况：
- 当然，也存在一些例外情况。比如，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了因公司原因导致的休息可以扣减工资，且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能有权扣减。但这种情况较为少见，且需要严格的合同或制度依据。
二、实际操作角度
公司规章制度：
- 首先，应查看公司的规章制度或劳动合同中是否有关于因公司原因导致休息并扣减工资的规定。如果存在这样的规定，且该规定合法有效，那么公司可能有权按照规定执行。但如前所述，这种规定需要严格符合法律法规的要求。
沟通协商：
- 如果公司规章制度或劳动合同中没有相关规定，或者规定不明确、不合理，那么员工有权与公司进行沟通协商，要求公司支付正常工作期间的工资。在沟通过程中，员工可以引用相关法律法规来支持自己的主张。
法律途径：
- 如果沟通协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。劳动监察部门或劳动仲裁机构会根据相关法律法规和实际情况进行裁决。
三、建议与提醒
保留证据：
- 在处理此类问题时，员工应保留好相关证据，如劳动合同、公司规章制度、工资条、休息通知等。这些证据将有助于员工在沟通协商或法律途径中证明自己的主张。
及时咨询：
- 如果员工对公司的做法有疑问或不满，应及时向我咨询或寻求其他专业法律人士的帮助。我可以根据具体情况为员工提供详细的法律建议和指导。
关注法律法规变化：
- 劳动法律法规可能会随着时间和政策的变化而调整。因此，员工应关注相关法律法规的变化，以便及时了解自己的权益和义务。
总结：公司因自身原因导致员工休息两天并扣减工资的行为，在大多数情况下是不合理的。员工应首先查看公司规章制度和劳动合同中的相关规定，然后与公司进行沟通协商。如果无法达成一致意见，员工可以通过法律途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。