结论：公司能否因员工在钉钉上缺卡而扣工资，取决于公司是否有明确、合理且合法的规章制度，以及扣薪行为是否符合该规定和法律法规。若公司规章制度健全、合法，且扣薪行为合理，则可能合法；反之，则可能违法。以下是对此问题的详细分析：
公司做法可能合法的情况
规章制度明确且合法：
- 若公司有明确、合理的规章制度，规定了缺卡的相应扣薪标准，并且该规章制度已经过民主程序制定（如征求员工意见、通过职工代表大会等），并向员工公示告知（如组织培训学习、在公司显著位置张贴等），那么公司按照规定扣工资在一定程度上是合法的。
- 举例：公司规章制度中明确规定，每月允许有两次缺卡情况不扣薪，超过两次后每次缺卡扣50元工资，且该规定已经过民主程序制定并公示告知员工。在此情况下，若员工缺卡次数超过两次，公司按照规定扣工资是合法的。
扣薪行为合理：
- 扣薪金额应合理，不能明显超出员工可承受的范围，也不能损害员工的基本权益。例如，公司可以规定每月允许有一定次数的缺卡情况不扣薪，超过次数后每次缺卡扣一定数额的工资，但扣薪金额不宜过高。
公司做法可能违法的情况
规章制度不健全或未经法定程序：
- 若公司没有相关的规章制度，或者虽有规定但未经民主程序制定，也未向员工公示，那么以此扣工资就缺乏合法依据，属于违法行为。
- 举例：公司没有明确的缺卡扣薪规定，或者虽有规定但未经民主程序制定且未公示告知员工，此时公司因员工缺卡而扣工资是违法的。
扣薪不合理或过高：
- 即使公司有规章制度，但如果扣薪金额过高，明显超出合理范围，或者扣薪行为损害了员工的其他合法权益，这种扣薪行为也可能不被法律支持。
- 举例：公司规定每次缺卡扣500元工资，这明显超出了合理范围，损害了员工的基本权益，因此这种扣薪行为是不合法的。
员工应对措施
如果员工认为公司扣工资的做法不合理、不合法，可以采取以下措施维护自己的权益：
与公司沟通协商：
- 首先尝试与公司人力资源部门或上级领导进行友好沟通，说明缺卡的原因，并要求公司按照合理方式处理，撤销不合理的扣薪决定。
向劳动监察部门投诉：
- 若与公司协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门会对公司的用工行为进行调查，若发现公司存在违法行为，会责令其改正并可能给予相应的处罚。
申请劳动仲裁：
- 员工也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司返还不合理扣除的工资，并可以主张因公司违法行为给自己造成的其他损失。在仲裁过程中，员工需要提供充分的证据来支持自己的主张，如劳动合同、工资条、考勤记录等。
总结与建议
为避免因缺卡而产生的纠纷，建议公司制定明确、合理且合法的规章制度，并确保员工充分知晓和理解这些规定。同时，员工也应遵守公司的规章制度，按时打卡，以减少不必要的麻烦。若遇到公司不合理扣薪的情况，员工应依法维护自己的权益。
作为张程冠律师，我擅长处理经济纠纷和工伤赔偿领域的法律问题。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。