核心结论：在此类雇佣关系中船员落水失踪，船主提出赔偿方案但家属不同意而僵持的情况下，可通过协商、诉讼等途径解决，具体如下：

1. 协商解决
   • 沟通协商：船主和家属可以继续进行友好、深入的沟通。船主可以进一步了解家属不同意90万赔偿方案的具体原因，是因为觉得金额过低，还是对赔偿项目的分配有异议等。例如，家属可能认为保险赔偿部分存在不合理扣除，或者认为除了保险和这90万中的部分项目外，还应有其他补偿项目。船主根据家属的反馈，重新审视赔偿方案，看是否可以在合理范围内进行调整，以满足家属的部分诉求，达成和解协议。
   • 引入第三方调解：如果双方直接沟通存在困难或者难以达成一致，可以引入第三方调解机构或人员。比如当地的劳动调解委员会（如果涉及劳动雇佣关系）、人民调解组织等。这些第三方具有中立性，能够听取双方的意见和诉求，依据相关法律法规和实际情况，提出公平合理的调解方案，促使双方达成和解，节省时间和诉讼成本。
2. 诉讼解决
   • 确定诉讼主体和案由：如果协商和调解都无法解决问题，家属或船主一方可以向法院提起诉讼。对于家属来说，如果认为船主未依法足额赔偿，可以以船主为被告，提起民事赔偿诉讼，案由可能为提供劳务者受害责任纠纷（如果是非劳动关系的雇佣）或者工伤保险待遇纠纷（如果构成劳动关系且应享受工伤保险待遇）等。船主如果认为家属的诉求不合理，也可以在诉讼中进行抗辩。
   • 证据收集与准备：在诉讼过程中，证据是关键。船主需要收集与雇佣关系、船员落水失踪事件相关的证据，如雇佣合同、工作记录、安全培训记录、事故发生时的现场情况记录（如航海日志等）、已经支付的费用凭证等，以证明自己在事故中的责任情况以及已经采取的合理措施和支付的款项。家属则需要收集能够证明船员受害情况、损失情况的证据，如船员的收入证明、家庭抚养情况证明、医疗费用单据（如果有前期救治）、因失踪导致的家庭经济损失等相关证据，以支持自己的赔偿诉求。
   • 法院审理与判决：法院会根据双方提供的证据和相关法律法规进行审理。在审理过程中，会明确船主和船员之间的法律关系（是劳动关系还是雇佣关系等），确定船主在船员落水失踪事件中的责任比例，然后根据法律规定和实际情况计算出合理的赔偿金额。法院的判决具有强制执行力，如果一方不履行判决，另一方可以申请法院强制执行。

在整个过程中，建议双方都咨询专业的法律人士，以更好地维护自己的合法权益。如果你还有其他关于此事件的具体细节或疑问，欢迎继续向我咨询。