在法庭上，当对方对确权证书的真实性、合法性提出实质异议时，原则上应由提出异议的一方承担举证责任。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据与举证责任分配
“谁主张，谁举证”原则：
- 根据我国民事诉讼法的相关规定，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。这意味着，在法庭上，如果一方对确权证书的真实性或合法性提出异议，那么该方就需要提供相应的证据来支持其异议。
确权证书的证明力：
- 确权证书，如房产证、土地证等，是官方颁发的证明权利归属的文件，具有较高的证明力。在一般情况下，这些证书被视为权利归属的有效证明，无需额外举证。
- 然而，当对方提出实质异议时，确权证书的证明力就受到了挑战。此时，为了维护自己的权益，提出异议的一方需要提供足够的证据来反驳确权证书的证明力。
举证责任的具体应用
对真实性的异议：
- 如果对方对确权证书的真实性提出异议，比如认为证书是伪造的或变造的，那么对方需要提供证据证明证书的真实性存在问题。这可能包括提供鉴定报告、证人证言或其他相关证据。
对合法性的异议：
- 如果对方对确权证书的合法性提出异议，比如认为证书的颁发程序违法或存在其他违法情形，那么对方同样需要提供证据来支持其异议。这可能包括提供相关法律法规、行政程序文件或其他证明违法性的证据。
特殊情况下的举证责任转移
- 在某些特殊情况下，举证责任可能会发生转移。例如，如果确权证书的颁发机构存在明显的过错或违法行为，且这种过错或违法行为与确权证书的颁发有直接关系，那么在这种情况下，可能由确权证书的持有方承担一定的举证责任，以证明其权利的合法性和真实性。但这种情况相对罕见，且需要具体的法律事实和证据支持。
法律建议
- 保留证据：无论你是确权证书的持有方还是提出异议的一方，都应妥善保留与确权证书相关的所有证据，包括证书本身、颁发过程的相关文件、交易记录等。
- 及时咨询：如果你在法庭上遇到对方对确权证书的真实性、合法性提出实质异议的情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解你的权利和义务，以及如何有效地进行举证和辩护。
总之，在法庭上，当对方对确权证书的真实性、合法性提出实质异议时，原则上应由提出异议的一方承担举证责任。但具体情况可能因案件事实和法律规定而有所不同，因此在实际操作中，建议根据具体情况咨询专业律师以获取更准确的法律建议。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。