由中标人支付招标代理服务费是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若招标文件或合同中有明确约定：

   • 合法性分析：在建设工程招标投标活动中，招标代理服务费的支付主体通常会在招标文件或后续签订的合同中明确约定。如果招标文件或合同中明确规定了由中标人支付招标代理服务费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定是合法的，对双方均具有约束力。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同就是有效的。因此，如果招标文件或合同中有明确约定，中标人应当按照约定支付招标代理服务费。

2. 若招标文件或合同中未明确约定：

   • 合法性分析：在缺乏明确约定的情况下，招标代理服务费的支付主体可能产生争议。一般来说，招标代理服务是招标人委托招标代理机构进行的，因此，从常规理解出发，招标代理服务费应由招标人承担。然而，如果中标人自愿承担或双方通过其他方式达成一致，中标人支付招标代理服务费也是可能的，但这需要双方有明确的合意。
   • 风险提示：在没有明确约定的情况下，如果招标人要求中标人支付招标代理服务费，中标人有权拒绝，并可能因此引发合同纠纷。因此，建议招标人在招标文件中明确招标代理服务费的支付主体，以避免后续争议。

3. 特殊情况下的合法性考量：

   • 地方性规定或行业惯例：在某些地区或行业中，可能存在地方性规定或行业惯例，对招标代理服务费的支付主体有特别规定。如果这些规定或惯例与招标文件或合同中的约定不一致，应以规定或惯例为准（但前提是这些规定或惯例不违反法律法规的强制性规定）。
   • 公平原则：在确定招标代理服务费的支付主体时，还应考虑公平原则。如果招标代理服务主要服务于招标人，而中标人并未因此获得显著利益，那么要求中标人承担全部或大部分招标代理服务费可能显失公平。

法律建议：

• 对于招标人而言，应在招标文件中明确招标代理服务费的支付主体和金额，以避免后续争议。
• 对于中标人而言，在签订合同前应仔细审查合同条款，特别是关于招标代理服务费的支付约定，确保自己的权益不受损害。
• 如果双方因招标代理服务费的支付问题产生争议，应首先通过协商解决；协商不成的，可以寻求法律途径解决。

总结：由中标人支付招标代理服务费是否合法，主要取决于招标文件或合同中是否有明确约定。在有明确约定的情况下，该约定是合法的；在缺乏明确约定的情况下，则可能引发争议。因此，建议双方在招标投标活动中明确约定招标代理服务费的支付主体和金额。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。