农村自建房盖三层是否合法，需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
法律基础与普遍标准
- 根据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》，农村建房必须遵循规划和审批程序。
- 一般来说，农村建房在层数上并没有全国统一的严格限制，但具体层高和层数可能因地区差异而有所不同。有的地方可能允许建三层或更多，而有的地方则可能限制在两层或更低。
审批手续的重要性
- 合法审批与建设：若建房者已按照当地规定提出建房申请，并经乡镇政府审核批准，取得了所有必要的合法手续（如宅基地用地审批、乡村建设规划许可证等），且严格按照审批的规划设计要求进行建设（包括层数、面积、高度等），则三层自建房是合法的。
- 未经审批或超出审批范围：未向相关部门提出申请或申请未获批准即自行建造三层房屋，或者实际建设超出审批所规定的层数、面积、高度等范围，都构成违建，可能面临被责令拆除、罚款等法律后果。
地方政策与规划的差异
- 不同地区基于整体村庄规划、土地利用规划等，对农村房屋建设的层数有明确的规定。有的地方可能出于保护村落风貌、控制建筑密度等考虑，只允许建一层或两层。因此，在决定建房前，务必咨询当地村委会或相关部门，了解并遵守具体的政策要求。
建筑安全与质量
- 修建三层房屋对建筑技术和质量要求更高。必须确保房屋结构稳定、安全可靠，选择有资质、有经验的专业施工队伍和设计方案，并严格遵守相关的建筑规范和安全标准。这是保障房屋质量和居住安全的重要前提，也是合法建房的必要条件之一。
建议与注意事项：
- 查清土地性质：确保建房地块为宅基地或其他合法用地，避免在耕地或不符合规划的区域建房。
- 完善审批手续：按照规定的流程办理审批手续，避免“未批先建”导致的法律风险。
- 咨询当地规定：在建房前咨询当地土地管理部门或建设规划部门，了解具体的建房规定和限制，确保建房行为符合当地政策要求。
- 注重建筑安全：选择专业的施工队伍和设计方案，确保房屋结构稳定、安全可靠。
综上所述，农村自建房盖三层是否合法，需根据当地的法律法规、政策规定、审批手续以及建筑安全等多个方面进行综合判断。如果您有具体的建房需求或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。