结论：在母公司被安排兼任子公司的工作时，是否可以仲裁申请工资，取决于多个因素，包括是否与子公司建立了实际的劳动关系、子公司是否支付了相应的劳动报酬等。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动关系认定：

   • 若与子公司建立劳动关系：如果您在兼任子公司工作的过程中，与子公司签订了劳动合同，或者形成了事实上的劳动关系（如接受子公司的管理、从事子公司安排的工作等），那么您与子公司之间就存在劳动关系。在这种情况下，如果子公司未支付您应得的工资，您有权向劳动仲裁机构申请仲裁，要求子公司支付工资。
   • 若未与子公司建立劳动关系：如果您只是被母公司安排到子公司工作，但并未与子公司建立劳动关系（如仍与母公司保持劳动关系，且工资由母公司支付），那么您与子公司之间就不存在直接的劳动关系。在这种情况下，如果子公司未支付您工资，但母公司已经支付了您在母公司的工资（包括可能因兼任子公司工作而应得的额外报酬），则您可能无法直接向子公司申请仲裁要求支付工资。然而，如果母公司未支付您因兼任子公司工作而应得的额外报酬，您可以向母公司申请仲裁。

2. 工资支付情况：

   • 子公司未支付工资：如果您与子公司建立了劳动关系，且子公司未支付您应得的工资，那么您有权向劳动仲裁机构申请仲裁，要求子公司支付拖欠的工资，并可能要求支付相应的经济补偿或赔偿金。
   • 工资支付主体不明：在某些情况下，可能存在工资支付主体不明的情况（如母公司和子公司都声称自己不是支付工资的责任方）。在这种情况下，您需要收集相关证据（如工作安排、工资条、银行转账记录等），以证明您与哪家公司建立了劳动关系，以及哪家公司应该支付您工资。然后，您可以根据证据情况向相应的公司申请仲裁。

3. 法律建议：

   • 收集证据：无论您选择向哪家公司申请仲裁，都需要收集充分的证据来证明您的劳动关系和工资支付情况。这包括劳动合同、工作安排、工资条、银行转账记录、同事证言等。
   • 咨询专业律师：虽然我可以为您提供一些基本的法律建议，但劳动纠纷案件往往涉及复杂的法律关系和证据收集问题。因此，我建议您在申请仲裁前咨询一位专业律师，以便更准确地了解您的权利和义务，以及制定更有效的仲裁策略。
   • 注意仲裁时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，您需要在知道或应当知道自己的权利被侵害之日起一年内申请仲裁，否则可能会丧失仲裁权利。

可能法律后果：如果您成功证明了与子公司的劳动关系以及子公司未支付工资的事实，劳动仲裁机构可能会裁决子公司支付您拖欠的工资，并可能要求子公司支付相应的经济补偿或赔偿金。如果子公司拒不执行仲裁裁决，您还可以向人民法院申请强制执行。

进一步思考：在处理此类劳动纠纷时，除了关注工资支付问题外，还需要考虑其他可能的权益保护问题，如社会保险缴纳、福利待遇等。因此，我建议您在申请仲裁前全面了解自己的权益情况，并咨询专业律师以制定更全面的维权策略。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。