结论：子公司拖欠子公司法定代表人工资，法定代表人一般不可以直接仲裁母公司，但存在特殊情况。以下从不同角度进行分析：
一般情况：仲裁对象应为子公司
- 法律关系角度
- 子公司是具有独立法人资格的实体，它以自己的名义从事经营活动，独立承担民事责任。子公司与法定代表人之间建立的是劳动关系（如果法定代表人在子公司担任具体职务并领取工资），根据劳动争议仲裁的相关规定，劳动争议仲裁的被申请人应该是与劳动者建立劳动关系的用人单位，即子公司。所以，在子公司拖欠法定代表人工资的情况下，法定代表人应当以子公司为被申请人申请劳动仲裁。
- 例如，A公司是母公司，B公司是A公司的子公司，B公司具有独立的法人资格。张三是B公司的法定代表人，同时在B公司担任总经理职务，B公司拖欠张三工资，此时张三应该向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求B公司支付工资，而不能直接仲裁A公司。
- 合同相对性角度
- 如果法定代表人与子公司签订了劳动合同（或者存在事实劳动关系），那么工资支付等权利义务关系是基于该合同产生的，合同相对方是子公司。根据合同相对性原则，法定代表人只能向子公司主张工资支付的权利，而不能突破合同关系直接向母公司主张。
特殊情况：可能涉及母公司的情形
- 母公司对子公司存在不当控制或混同经营
- 如果母公司对子公司存在过度控制，导致子公司丧失独立性，出现人格混同的情况，例如母公司和子公司在人员、业务、财务等方面高度混同，难以区分各自的财产和责任。在这种情况下，法定代表人可以尝试将母公司和子公司列为共同被申请人申请仲裁。
- 例如，母公司A和子公司B的办公场所相同，财务人员混同，资金随意调配，子公司B没有独立的财务账目，其经营决策完全由母公司A决定。当子公司B拖欠法定代表人工资时，由于母公司A和子公司B人格混同，法定代表人可以主张母公司A对子公司B的债务承担连带责任，从而在仲裁中将母公司A和子公司B列为共同被申请人。不过，要证明这种人格混同的情况需要提供充分的证据，如财务账目、人员安排、业务往来等方面的证据。
- 母公司承诺承担子公司债务
- 如果母公司以书面形式（如承诺函、协议等）明确表示愿意承担子公司的债务，包括拖欠法定代表人的工资，那么在这种情况下，法定代表人可以依据母公司的承诺，将母公司作为仲裁被申请人之一。
- 例如，母公司A向子公司B的法定代表人张三出具书面承诺，承诺如果子公司B在某期限内无法支付张三工资，由母公司A承担支付责任。当子公司B到期未支付张三工资时，张三就可以将母公司A和子公司B列为共同被申请人申请仲裁。
建议：如果遇到子公司拖欠工资的情况，法定代表人可以先收集与工资支付相关的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等。如果认为存在上述特殊情况，建议咨询专业律师，律师可以根据具体情况分析证据的充分性和可行性，帮助法定代表人制定合理的仲裁策略。有问题可以直接向我咨询。