农村自建房签订的协议是否有效，需根据具体情况综合判断，以下是一些关键因素的分析：

1. 主体资格：

   • 有效情形：如果协议双方均具备相应的民事行为能力，即都是成年人且精神正常，能够独立进行民事活动并做出真实的意思表示，且建房户具备宅基地使用资格（通常是本集体经济组织成员或经合法程序获得宅基地使用权），施工方具备从事相关建房活动的能力和经验（如个人具备相应技能或建筑企业持有合法建筑资质），则协议主体资格合格，这是协议有效的基础。
   • 无效情形：若一方或双方不具备民事行为能力，或者建房户不具有宅基地使用资格，施工方不具备相应施工能力或资质，则协议可能因主体不适格而无效。

2. 意思表示：

   • 有效情形：协议的签订必须基于双方平等、自愿的基础上，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。双方应对房屋的设计、施工期限、价款等重要内容进行充分协商，并达成一致意见，这样的协议意思表示真实，有效。
   • 无效情形：若一方以欺诈、胁迫手段订立协议，或存在重大误解、显失公平等情形，受损害方有权请求变更或撤销该协议，撤销后协议自始无效。

3. 内容合法性：

   • 有效情形：协议内容不得违反国家法律、行政法规的强制性规定，如土地管理法规、建设规划法规等。建房的位置、面积、层数等应符合当地农村宅基地管理和规划建设的相关规定，且协议不能违背社会公共秩序和善良风俗。例如，协议中不能约定改变宅基地用途用于商业开发等违反宅基地使用性质的内容。
   • 无效情形：若协议内容违反法律法规强制性规定，如违反土地管理法规在农用地上未经合法审批擅自建房，或违反建设规划法规未取得乡村建设规划许可证等相关证件就开始建房，所签订的建房协议可能被认定无效。此外，损害国家、集体或他人合法权益的协议也无效，如未经共有人同意擅自与他人签订在共有宅基地上的自建房合同。

4. 形式要求：

   • 有效情形：虽然法律未强制要求农村建房协议必须采用书面形式，但为明确双方权利义务，减少纠纷，建议签订书面协议，并经双方签字或盖章确认。如果法律法规对自建房合同形式有特定要求，如涉及较大金额或重要事项的合同应当采用书面形式并办理相关登记备案手续，双方应按要求执行。
   • 无效风险：若法律明确规定自建房合同必须采用书面形式并办理相关登记备案手续，但双方未按要求执行，合同可能存在无效风险。

5. 特殊情形：

   • 农村宅基地自建房：同一村集体成员之间的买卖，在符合相关规定的情况下，合同通常是有效的。但若是卖给非本村集体成员，由于宅基地不允许随意流转给村集体以外的人，因此合同很可能无效。
   • 非宅基地自建房：经过合法审批手续建造的自建房，买卖合同一般有效。而未经过合法审批手续建造的自建房，由于其本身的合法性存在问题，因此买卖合同可能无效。

法律建议：

• 在签订农村自建房协议前，务必核实土地及建房手续的合法性，确保协议内容的真实性和合法性。
• 协议应尽可能采用书面形式，并明确双方的权利义务，以减少纠纷。
• 若对协议效力存在疑问或情况复杂，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律分析和建议。

法律依据：

• 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条的规定，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。