结论：在证据有限的情况下是否申请行政复议，需结合罚款合法性、证据收集可能性、复议成本与收益综合判断。以下分情况说明：

1. 若市场监管局的处罚存在明显违法或程序瑕疵，建议复议

即使现有证据不足，若您能通过复议程序补充证据（如监控录像、证人证言、交易记录等），或发现执法部门存在以下问题，复议成功率较高：

• 主体错误：处罚对象错误（如应处罚公司却处罚个人）；
  
• 事实不清：处罚依据的事实与实际情况不符（如未实际经营却被认定违法）；
  
• 程序违法：未告知陈述申辩权、未送达处罚决定书、超期执法等；
  
• 法律适用错误：错误引用法律条款或处罚幅度超出法定范围。
  

行动建议：

• 立即整理现有证据（如收据、沟通记录、现场照片等），哪怕碎片化；
  
• 申请复议时明确指出执法部门的违法点，并附上证据线索；
  
• 若证据确实不足，可申请复议机关调取执法部门的卷宗材料（如现场检查记录、询问笔录等）。

2. 若处罚合法且证据充分，但您认为处罚过重，可权衡复议

若市场监管局的处罚事实清楚、程序合法，但您认为罚款金额（5000元）与违法行为情节不匹配（如首次违法、情节轻微），可尝试通过复议主张“过罚相当”原则，要求减轻处罚。

行动建议：

• 收集证明违法行为情节轻微的证据（如首次违法证明、整改措施、损失较小等）；
  
• 引用《行政处罚法》第32条（当事人有主动消除危害后果等情形的，应减轻处罚）；
  
• 注意：复议机关可能维持原处罚，需做好心理准备。

3. 若证据确实无法补充且处罚无明显问题，复议意义有限

行政复议以“以事实为依据”为原则，若您既无法提供反驳证据，也无法指出执法部门违法，复议可能被驳回。此时可考虑：

• 履行处罚：按时缴纳罚款，避免滞纳金或强制执行；
  
• 后续监督：若认为执法部门存在系统性问题（如选择性执法），可向其上级部门或纪委监委投诉。

4. 关键提醒：复议期限与程序

• 期限：自收到处罚决定书之日起60日内申请复议（逾期可能丧失权利）；
  
• 程序：向作出处罚的市场监管局的上一级部门申请（如区局处罚，向市局或区政府申请）；
  
• 费用：复议不收费，但需自行准备材料（可手写申请书）。

总结：证据不足不是复议的绝对障碍，关键在于能否通过复议程序发现执法问题或补充证据。若您认为处罚存在违法或不合理之处，建议尝试复议；若完全无把握，可先咨询我进一步分析证据和处罚依据，再决定是否复议。