分公司注销时，员工仍然可以主张与总公司的劳动关系。以下从不同角度为你详细分析：

一、分公司与总公司的法律关系

分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着，分公司虽然可以以自己的名义从事经营活动，但在法律上，它并不是一个独立的法律主体，其权利和义务最终归属于总公司。

二、分公司注销对劳动关系的影响

1. 劳动关系存续：分公司注销并不意味着员工与总公司的劳动关系自动终止。员工仍然有权要求总公司继续履行劳动合同，包括支付工资、提供福利待遇等。
2. 劳动合同转移：在分公司注销的情况下，如果员工被安排到总公司的其他部门或分支机构工作，且劳动合同中的相关条款（如工作岗位、工作地点等）发生变更，那么应当视为原劳动合同的变更，需要双方协商一致并签订书面变更协议。如果员工不同意变更，且总公司无法提供其他合适的工作岗位，那么员工有权要求总公司支付经济补偿金并解除劳动合同。

三、员工主张劳动关系的途径

1. 协商：员工可以首先尝试与总公司进行协商，就劳动合同的履行、变更或解除等事项达成一致意见。
2. 申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认与总公司的劳动关系，并主张相应的权益。
3. 提起诉讼：如果对仲裁裁决不满，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序来维护自己的合法权益。

四、实际案例与法律适用

在实际操作中，已经有许多类似的案例表明，分公司注销后，员工仍然可以主张与总公司的劳动关系。法院在审理此类案件时，通常会根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，结合案件的具体情况，来判定员工与总公司之间是否存在劳动关系，以及总公司应当承担哪些法律责任。

五、建议与注意事项

1. 保留证据：员工在主张劳动关系时，应当注意保留相关的证据材料，如劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录等，以证明自己与总公司之间存在劳动关系。
2. 及时行动：如果分公司注销后，员工发现自己的权益受到侵害，应当及时采取行动，通过协商、仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。避免因为拖延时间而错过最佳的维权时机。
3. 咨询专业律师：在处理此类复杂的劳动关系问题时，员工可以咨询专业律师的意见，以便更好地了解自己的权益和维权途径。

如果你在处理分公司注销与劳动关系的问题上遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。