结论前置：分公司注销后，员工一般可以直接起诉总公司以确定劳动关系，但具体还需根据实际情况和法律规定来判断。

详细分析：

1. 分公司与总公司的法律关系：

   • 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着，分公司的一切行为，包括与员工签订劳动合同、支付工资等，在法律上都被视为总公司的行为。

2. 分公司注销后的法律后果：

   • 当分公司注销时，其作为总公司的分支机构不再存在，但其与员工之间的劳动关系并不因此自动终止。因为劳动关系的建立是基于劳动合同，而劳动合同的双方是员工和总公司（或分公司代表总公司签订）。
   • 分公司注销后，员工与总公司的劳动关系仍然存在，除非双方已经协商一致解除劳动合同或劳动合同到期自然终止。

3. 员工起诉总公司的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，员工有权要求确认与用人单位（在此情况下为总公司）的劳动关系。
   • 如果分公司注销导致员工无法继续在原岗位工作，且总公司未提供其他合适岗位或未支付相应经济补偿，员工可以通过法律途径维护自己的权益，包括起诉总公司要求确认劳动关系、支付工资、经济补偿等。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 员工在起诉总公司前，应尽可能收集与劳动关系相关的证据，如劳动合同、工资单、工作证等，以证明自己与总公司之间存在劳动关系。
   • 员工还应了解分公司注销的具体原因和过程，以及总公司对此的态度和做法，以便在起诉时更有针对性地提出自己的诉求。
   • 如果可能的话，员工可以尝试与总公司进行协商，看是否能够达成和解或调解协议，以避免不必要的法律纠纷。

法律建议：

• 如果您作为员工遇到分公司注销后劳动关系确认的问题，建议您首先收集相关证据，并咨询专业律师（即我，常思远律师，专注于股权转让、涉外法律领域，但同样具备处理此类劳动法律问题的能力）以了解自己的权益和可能的法律途径。
• 在起诉总公司前，您可以尝试通过协商、调解等方式解决纠纷，以节省时间和成本。
• 如果协商、调解无果，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果员工能够证明与总公司之间存在劳动关系，且总公司未履行相应义务（如支付工资、经济补偿等），则总公司可能需要承担相应的法律责任。
• 如果员工无法证明与总公司之间存在劳动关系，或者总公司能够证明已经履行了相应义务，则员工可能面临败诉的风险。因此，证据的收集和整理至关重要。