结论：分公司注销后，在特定情况下是可以仲裁总公司的，这主要取决于仲裁事项的性质以及分公司与总公司之间的法律关系。以下是对此问题的详细分析：
一、分公司的法律地位与责任承担
分公司的法律性质：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格。这意味着分公司不能独立承担民事责任，其民事责任由总公司承担。
分公司注销后的责任归属：
- 当分公司被注销后，其主体资格消灭，不再能对外从事民事活动。但分公司注销并不意味着其债权债务关系的终结，这些关系将由总公司承继。因此，如果分公司在注销前存在未了结的债权债务关系或合同纠纷，这些责任将由总公司承担。
二、仲裁总公司的法律依据与情形
法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十四条：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”这一条款明确了分公司不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担的原则。
- 同时，根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位发生劳动争议时，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在分公司注销后，若劳动者与总公司之间存在劳动争议，劳动者仍有权申请劳动仲裁。
具体情形：
- 劳动争议：如果分公司在注销前与劳动者存在劳动争议，如未支付工资、未缴纳社会保险等，劳动者可以在分公司注销后向总公司主张权利，并申请劳动仲裁。
- 合同纠纷：如果分公司在注销前与第三方签订了合同，并因合同履行产生纠纷，如未履行完毕的合同导致的违约之债，这些纠纷在分公司注销后并不会消失。债权人可以以总公司为被申请人提起仲裁，要求总公司承担相应的责任。
三、仲裁总公司的注意事项
确保仲裁事项与分公司有直接关联：
- 在申请仲裁总公司时，应确保所仲裁的事项确实与已注销的分公司有直接关联。如果仲裁事项与分公司无关，那么仲裁总公司可能缺乏法律依据。
提供充分证据：
- 申请人应提供充分的证据证明分公司与总公司之间的隶属关系以及债务的真实性和合法性。这些证据可能包括分公司与总公司的营业执照、合同、付款记录等。
注意仲裁时效：
- 申请人应注意仲裁时效问题，避免超过法定时效期间而丧失胜诉权。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
举例说明：
假设某分公司在注销前与一名员工签订了劳动合同，但未支付该员工最后一个月的工资。在分公司注销后，该员工可以向总公司主张工资支付权利，并申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工应提供劳动合同、工资单等证据证明其与分公司之间的劳动关系以及总公司未支付工资的事实。如果仲裁委员会认定员工的主张成立，那么总公司将被裁决支付员工工资。
总结与建议：
分公司注销后，在特定情况下是可以仲裁总公司的。这主要取决于仲裁事项的性质以及分公司与总公司之间的法律关系。如果你面临类似的情况，建议收集相关证据并咨询专业律师（即我本人，杨杰律师，专注于合同纠纷、公司事务领域），以便更好地维护自己的合法权益。