关于“上班12小时是否要扣除吃饭时间”的问题，结论前置如下：
是否扣除吃饭时间，需依据劳动合同、公司规章制度或集体合同的约定。若这些文件中明确规定了工作时间的计算方式，包括是否扣除吃饭时间，那么应按照约定执行。
在无明确约定的情况下，通常应将吃饭时间计入工作时间。因为吃饭时间是劳动者为了恢复体力、继续工作所必需的时间，且在这段时间内劳动者并未完全脱离工作状态，如需随时响应工作需求。
详细分析：
法律依据：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若因工作性质或生产特点需要延长工作时间的，应依法支付加班费。
- 工作时间通常包括劳动者实际从事生产或工作的时间，以及为生产或工作所必需的准备、结束时间，还包括劳动者在工作时间内的短暂休息、如厕、喝水等时间。但关于吃饭时间是否计入工作时间，法律并未明确规定，而是交由用人单位与劳动者协商确定。
实践操作：
- 在实际操作中，许多用人单位会在劳动合同或规章制度中明确规定工作时间的计算方式，包括是否扣除吃饭时间。若用人单位有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照规定执行。
- 若用人单位未明确规定，或规定不明确，那么根据劳动法的立法精神，吃饭时间应视为劳动者为了继续工作所必需的时间，应计入工作时间。此时，若劳动者实际工作时间超过法定标准，用人单位应依法支付加班费。
特殊情况：
- 对于某些特殊行业或岗位，如餐饮、医疗等，由于工作性质的特殊性，吃饭时间可能无法完全脱离工作状态。在这种情况下，用人单位更应合理计算工作时间，确保劳动者的合法权益不受侵害。
建议：
- 劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工作时间的约定。若对合同条款有疑问或不明确的地方，应及时向用人单位提出并协商解决。同时，保留好相关证据，如考勤记录、工资条等，以备不时之需。
- 用人单位：应制定合理的规章制度，明确工作时间的计算方式，包括是否扣除吃饭时间。同时，应确保规章制度的合法性和合理性，避免侵犯劳动者的合法权益。在执行过程中，应严格按照规章制度办事，确保劳动者的权益得到保障。
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