总公司应立即启动内部调查程序，并根据调查结果采取包括但不限于纪律处分、解除劳动合同、追究民事或刑事责任等措施。具体处理方式需结合虚构证据的性质、目的及造成的后果综合判断，以下是详细分析：

一、内部调查与事实确认

1. 成立专项调查组
   总公司应组建由法务、审计、人力资源等部门组成的独立调查组，对分公司负责人虚构证据的行为进行全面调查。调查内容应包括：

   • 虚构证据的具体内容、形成过程及用途；
   • 是否涉及伪造公司文件、合同、财务记录等关键材料；
   • 是否与外部第三方串通（如供应商、客户或司法机关）；
   • 是否已对公司造成实际损失（如诉讼败诉、行政处罚、商誉损害等）。

2. 固定证据链
   调查过程中需严格遵循法律程序，确保证据的合法性、关联性和客观性。例如：

   • 调取分公司负责人电脑、邮件、聊天记录等电子数据；
   • 询问相关知情人员并制作笔录；
   • 委托第三方机构对关键证据进行鉴定（如文件真伪、印章真实性等）。

二、根据后果严重程度分类处理

1. 未造成实际损失或影响轻微

• 纪律处分：依据公司规章制度（如《员工手册》《合规管理办法》），给予警告、记过、降职等处分；
• 解除劳动合同：若虚构证据行为严重违反公司价值观或规章制度（如《劳动合同法》第39条规定的“严重失职，营私舞弊”），可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿；
• 追偿损失：若公司为应对虚构证据行为支付了额外费用（如律师费、调查费），可要求分公司负责人赔偿。

2. 造成公司经济损失或法律风险

• 民事索赔：以分公司负责人侵权为由，向法院起诉要求赔偿直接经济损失（如诉讼赔偿款、行政罚款）及间接损失（如商誉修复费用）；
• 刑事报案：若虚构证据行为涉嫌犯罪（如《刑法》第280条伪造公司印章罪、第307条帮助毁灭伪造证据罪），应立即向公安机关报案，并配合提供证据；
• 行业惩戒：向行业协会或监管机构举报，推动对分公司负责人的行业禁入或信用惩戒。

3. 涉及外部合作方或司法程序

• 主动披露与纠正：若虚构证据已提交至法院、仲裁机构或行政机关，应立即提交书面说明，申请撤回或更正证据，避免被认定为“妨碍诉讼”或“虚假陈述”；
• 协商和解：若虚构证据导致公司陷入纠纷，可尝试与对方协商和解，降低负面影响；
• 追究第三方责任：若外部合作方参与虚构证据（如共同伪造合同），可一并追究其连带责任。

三、预防与制度完善

1. 修订内控制度
   明确分公司负责人权限边界，禁止其单独签署关键文件或接触核心证据；建立证据审核机制，要求所有对外提交的材料需经总公司法务或合规部门复核。

2. 加强合规培训
   定期组织分公司负责人及员工学习《刑法》《公司法》《证据规则》等法律法规，强调虚构证据的法律后果（如刑事责任、行业禁入）。

3. 设立举报渠道
   开通匿名举报平台，鼓励员工对违规行为进行监督，对查证属实的举报人给予奖励。

提示：总公司处理此类事件时需平衡“快速止损”与“程序合法”，避免因处理不当引发二次纠纷（如分公司负责人以“违法解除”为由起诉公司）。建议根据具体案情制定方案，必要时可委托律师协助处理。