结论：公司每天安排员工上12小时班，并支付加班费，这一行为是否合法，需根据具体情况判断，若每日工作时间超过8小时且未安排补休，或未按照法定标准支付加班费，则不合法。以下从多个角度详细分析：
一、每日工作时间与加班时间的界定
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若公司安排员工每日工作12小时，则超出了法定工作时间4小时，这4小时应被视为加班时间。
二、加班费的支付标准
对于加班时间，公司应按照法定标准支付加班费。具体来说：
工作日加班：根据《劳动法》第四十四条的规定，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。因此，若员工在工作日加班4小时，公司应支付不低于其正常工作时间工资150%的加班费。
休息日加班：如果这12小时的工作安排在休息日（如周六、周日），且公司未安排补休，则应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。但需注意，若公司已安排补休，则无需支付加班费。
法定节假日加班：若这12小时的工作安排在法定节假日，公司应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
三、合法性的综合判断
若公司支付加班费且符合法定标准：即使员工每日工作12小时，但只要公司按照法定标准支付了加班费，且未违反其他劳动法规（如未强迫劳动、未损害员工健康等），则这一行为在法律上可能被视为合法，但仍需关注员工的工作强度和健康状况，避免过度劳累。
若公司未支付加班费或支付不足：若公司未按照法定标准支付加班费，或未支付加班费，则这一行为明显违法。员工有权要求公司支付拖欠的加班费，并可能向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
若每日工作时间过长损害员工健康：即使公司支付了加班费，但若每日工作时间过长（如持续数月或数年每日工作12小时），可能对员工的身心健康造成损害。在这种情况下，员工有权拒绝超时工作，并可能依据《劳动法》的相关规定要求公司承担责任。
四、建议与提醒
员工应保留证据：若员工认为公司的工作安排或加班费支付存在问题，应保留相关证据（如工作记录、加班通知、工资条等），以便在需要时维护自己的合法权益。
与公司协商：在发现问题后，员工可以尝试与公司进行协商，寻求合理的解决方案。如协商无果，再考虑通过法律途径解决。
关注自身健康：无论工作安排是否合法，员工都应关注自己的身心健康。若感到过度劳累或身体不适，应及时就医并告知公司。
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