结论：员工离职时年休假休超了，公司一般不可以直接扣回已支付的工资，但具体处理方式需根据实际情况和公司规章制度来判断。以下从不同角度进行分析：
一、年休假的基本规定
根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在连续工作满一定年限后，享有带薪年休假的权利。年休假的天数根据职工的工作年限确定，且用人单位应当保证职工享受年休假。若用人单位因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假，但应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。
二、年休假休超的处理
若公司规章制度有明确规定：
- 如果公司的规章制度中明确规定了年休假休超的处理方式，比如要求员工返还超出部分的工资或者以其他方式补偿，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，或者已经告知员工，那么公司可以按照规章制度的规定进行处理。但需要注意的是，规章制度的制定必须合法合规，不能侵犯员工的合法权益。
若公司规章制度无明确规定：
- 如果公司的规章制度中没有明确规定年休假休超的处理方式，那么公司一般不可以直接扣回已支付的工资。因为年休假是员工的法定权利，公司应当保障员工享受年休假。即使员工休超了年休假，公司也不能随意剥夺员工的劳动报酬。
- 在这种情况下，公司可以与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。比如，可以要求员工在后续的工作中加班来弥补休超的年休假，或者以其他方式补偿公司。但协商必须基于平等、自愿的原则，不能强迫员工接受不合理的条件。
三、法律建议
对于公司：
- 建议公司制定完善的规章制度，明确年休假休超的处理方式，并确保规章制度的合法性和合规性。
- 在处理年休假休超的问题时，应当遵循公平、公正、合理的原则，避免侵犯员工的合法权益。
- 如果与员工无法达成一致意见，可以寻求法律途径解决争议，但应当确保自己的诉求有充分的法律依据。
对于员工：
- 如果公司要求扣回已支付的工资或者采取其他不合理措施，员工可以拒绝并要求公司按照法律规定和规章制度处理。
- 如果与公司发生争议，员工可以保留相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。
- 员工也可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，寻求法律援助和保护。
总结：员工离职时年休假休超了，公司一般不可以直接扣回已支付的工资。具体处理方式需根据公司的规章制度和实际情况来判断。如果双方无法达成一致意见，可以寻求法律途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。