超休年假企业一般不能扣回已支付的工资，但具体情形需结合实际情况和法律规定来分析。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
一、年假的基本规定
根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在连续工作满一定年限后，享有带薪年休假的权利。年假的天数根据职工的工作年限来确定，工作年限越长，年假天数越多。在年假期间，职工享有与正常工作期间相同的工资收入。
二、超休年假的处理原则
企业不能随意扣回工资：
- 一般情况下，如果职工已经享受了年假，并且企业已经支付了年假期间的工资，那么企业不能因为职工超休年假而扣回已支付的工资。年假是职工的合法权益，企业应当予以保障。
超休年假的补偿或调整：
- 如果职工超休的年假是因为企业安排的工作任务过重或特殊情况导致的，企业应当与职工进行协商，根据实际情况给予适当的补偿或调整后续的工作安排。
- 如果职工超休年假且未经过企业同意，企业可以根据内部规章制度进行处理，但处理方式应当合法、合理，不能违反法律法规的规定。例如，企业可以要求职工补休未休的年假，或者按照一定比例扣减未休年假的工资报酬（但这一做法需符合当地法律法规的具体规定，并非所有地区都允许）。
三、特殊情况下的处理
职工自愿放弃年假：
- 如果职工自愿放弃年假，并且企业已经支付了相应的工资报酬，那么企业无需再对超休的年假进行处理。但需要注意的是，职工放弃年假应当是自愿的，并且企业不得以任何形式强迫职工放弃年假。
企业因经营困难无法安排年假：
- 如果企业因经营困难或其他特殊原因无法安排职工休年假，企业应当与职工进行协商，并根据实际情况给予适当的补偿。在这种情况下，企业不能因为无法安排年假而扣回职工已支付的工资。
四、法律建议
对于职工：
- 如果职工发现企业因为超休年假而扣回工资，应当首先与企业进行沟通协商，了解扣回工资的具体原因和依据。
- 如果沟通协商无果，职工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于企业：
- 企业应当建立健全的年假管理制度，明确年假的申请、审批、安排和补偿等流程。
- 在处理超休年假的问题时，企业应当遵循法律法规的规定，确保处理方式的合法性和合理性。
总结来说，超休年假企业一般不能扣回已支付的工资。如果职工或企业遇到相关问题，建议首先进行沟通协商，如果无法解决，可以寻求法律途径来维护自己的权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。