结论前置：已休的年假在离职时，公司通常无权扣回，但具体还需根据员工实际休假情况与应休假天数进行判断。

法律背景与依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第四十五条：明确规定了国家实行带薪年休假制度，劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。这意味着，只要劳动者符合连续工作一年以上的条件，就有权享受带薪年休假，且休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。

2. 《职工带薪年休假条例》第二条与第五条：进一步明确了带薪年休假的适用范围和天数计算方式，以及对于应休未休年休假的处理（按日工资的300%支付报酬）。但这两条并未直接涉及离职时已休年假的扣回问题。

3. 《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条：这是处理离职时年假问题的关键条款。它规定，用人单位与职工解除或者终止劳动合同时，当年度未安排职工休满应休年休假天数的，应当按照职工当年已工作时间折算应休未休年休假天数并支付未休年休假工资报酬。但重要的是，该条款也明确指出，用人单位当年已安排职工年休假的，多于折算应休年休假的天数不再扣回。

具体情况分析

1. 已休年假天数未超过应休假天数：

   • 如果员工在离职前已经休完了所有应休的年假，且休假天数未超过其根据工作年限应享受的年假天数，那么公司无权扣回已休年假的工资。

2. 已休年假天数超过应休假天数：

   • 在极少数情况下，如果员工因公司排班错误、预支年假等特殊原因，实际休假天数超过了其应享受的年假天数，这部分多休的年假可能被视为不当得利。但即便如此，公司也不能直接扣回已支付的工资，而应通过与员工协商、签订书面协议等方式来妥善处理。且根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条的精神，若公司已安排年休假，多于折算应休年休假的天数通常不再扣回，除非双方有特别约定或公司规章制度有明确规定，且该规定不违反法律法规。

法律建议与操作指南

1. 核实年假天数：

   • 在离职前，员工应仔细核算自己实际应享受的年假天数和已休年假天数，确保数据准确无误。

2. 与公司沟通协商：

   • 如果发现已休年假天数与应休假天数存在差异，员工应及时与公司沟通协商，明确双方的权利义务。在沟通过程中，员工应保留好相关证据，如考勤记录、休假申请审批记录等。

3. 书面确认处理方式：

   • 双方就年假问题达成一致后，应签订书面协议明确处理方式，以避免后续纠纷。协议内容应包括已休年假天数、应休假天数、差额处理方式等关键信息。

4. 依法维护权益：

   • 如果公司无正当理由扣回已休年假的工资或拒绝支付未休年休假工资报酬，员工可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：已休的年假在离职时，公司通常无权扣回。但员工也应关注自己的实际休假情况与应休假天数，确保双方权益得到妥善保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。