结论：农民工工资保函未开，通常不会直接影响工程款进入农民工工资专户，但可能影响工程款的支付流程或导致相关法律责任，具体需结合合同约定和实际情况判断。以下从不同角度详细分析：

一、农民工工资保函与工程款支付的关系

1. 保函的作用：农民工工资保函是银行或担保机构应承包商申请，向发包方出具的保证承包商按时支付农民工工资的书面承诺。它主要作为一种担保方式，确保农民工工资的支付。

2. 工程款支付流程：工程款支付通常遵循合同约定的流程，包括预付款、进度款、结算款等。农民工工资专户是专门用于支付农民工工资的账户，工程款中的农民工工资部分应直接汇入该账户。

3. 保函未开的影响：

   • 不影响工程款进入专户：从流程上看，工程款（包括农民工工资部分）的支付并不直接依赖于保函的开具。只要合同中有明确约定，且发包方按照约定支付工程款，工程款（含农民工工资）仍应汇入农民工工资专户。
   • 可能影响支付流程：然而，如果合同中明确规定了保函作为工程款支付的前提条件之一，或者发包方出于风险控制的考虑，要求承包商提供保函后才支付工程款，那么保函未开可能导致工程款支付延迟或受阻。

二、法律责任与风险

1. 承包商的法律责任：如果承包商未按时支付农民工工资，可能面临法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。保函的开具可以在一定程度上减轻承包商因工资支付问题而承担的法律风险。

2. 发包方的风险：对于发包方而言，如果承包商未开具保函且未按时支付农民工工资，发包方可能因未尽到监督责任而面临一定的法律风险。此外，如果因工资支付问题导致工程停工或纠纷，发包方也可能遭受经济损失。

三、建议与措施

1. 审查合同条款：承包商和发包方应仔细审查合同条款，明确保函的开具要求、工程款支付流程以及双方的权利义务。

2. 及时沟通协商：如果保函未开导致工程款支付出现问题，双方应及时沟通协商，寻求解决方案。例如，可以协商先支付部分工程款（不含农民工工资部分），待保函开具后再支付剩余部分。

3. 寻求法律帮助：如果双方无法协商解决争议，可以寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等方式解决纠纷。

总结：农民工工资保函未开通常不会直接影响工程款进入农民工工资专户，但可能因合同约定或发包方要求而影响工程款支付流程。双方应审查合同条款、及时沟通协商，并在必要时寻求法律帮助以维护自身权益。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的建议，请直接向我咨询。