便利店店员偷盗5000元，其赔偿金额及法律责任需从多个角度进行分析：

1. 刑事责任角度：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃公私财物，数额较大的（一般为一千元至三千元以上，具体标准由地区规定），处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。在此案例中，店员偷盗5000元，若所在地区规定数额较大标准为3000元或以下，则该店员的行为已构成盗窃罪，将面临刑事处罚。
   • 赔偿与刑事责任的关系：刑事处罚并不免除店员的民事赔偿责任。即使店员被判处刑罚，便利店仍有权要求其赔偿因偷盗行为造成的经济损失。

2. 民事赔偿角度：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。在此案例中，店员偷盗便利店5000元，显然存在过错，且给便利店造成了经济损失，因此应承担赔偿责任。
   • 赔偿金额的计算：赔偿金额通常等于便利店因偷盗行为所遭受的实际损失，即5000元。若便利店能证明因偷盗行为还产生了其他间接损失（如因停业导致的营业额减少等），也可一并要求赔偿，但需提供相应证据。
   • 赔偿方式：赔偿可以通过现金、转账等方式进行。若店员无力一次性支付赔偿金，便利店可与其协商分期支付或采取其他合法方式追讨。

3. 劳动法及劳动合同角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。在此案例中，若便利店规章制度中明确规定禁止盗窃，且店员偷盗行为属实，则便利店有权解除与其的劳动合同，且无需支付经济补偿。

实际操作建议：

• 立即报警：便利店发现店员偷盗后，应立即报警并配合警方调查。警方将根据调查结果决定是否对店员采取刑事强制措施。
• 收集证据：便利店应尽可能收集与偷盗行为相关的证据，如监控录像、现场照片、目击者证言等，以便在后续的法律程序中证明店员的偷盗行为及造成的损失。
• 协商赔偿：在警方介入前或诉讼过程中，便利店可与店员协商赔偿事宜。若店员愿意赔偿且便利店接受其赔偿方案，可签订赔偿协议并履行。
• 提起诉讼：若协商无果或店员拒绝赔偿，便利店可向法院提起民事诉讼，要求店员赔偿因偷盗行为造成的经济损失。

总结：便利店店员偷盗5000元，不仅可能面临刑事处罚，还需承担民事赔偿责任。便利店应依法处理此类事件，通过报警、收集证据、协商赔偿或提起诉讼等方式维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。