在“上游虚开、下游有真实交易”的情形下，处理方式需结合具体案情和法律规定综合判断，以下是核心结论及分情况说明：

1. 下游企业可能面临的法律风险
   若上游企业虚开发票（如无真实交易、虚构交易内容或金额），下游企业即使存在真实交易，仍可能因“善意取得虚开发票”被牵连。根据《税收征收管理法》及《发票管理办法》，税务机关可能对下游企业作出以下处理：

   • 补缴税款：若下游企业已抵扣虚开发票对应的进项税额，需补缴增值税及附加税费，并可能加收滞纳金；
     
   • 行政处罚：根据情节轻重，可能被处以罚款（如虚开发票金额1倍以下罚款）；
     
   • 刑事风险：若下游企业明知上游虚开仍接受发票，或与上游共谋虚开，可能构成《刑法》第205条“虚开增值税专用发票罪”，面临有期徒刑、罚金甚至没收财产的处罚。

2. 下游企业“善意取得”的认定与抗辩
   若下游企业能证明自身对上游虚开行为不知情，且符合“善意取得”条件（如交易真实、发票形式合法、支付对价等），可向税务机关申请不补缴税款或减轻处罚。需重点准备以下证据：

   • 合同、付款凭证、物流单据等证明交易真实性的材料；
     
   • 上游企业主体信息（如营业执照、税务登记证）及交易时的沟通记录；
     
   • 说明自身已尽合理审查义务（如核对上游企业经营范围、发票内容与合同一致性等）。
     注意：司法实践中对“善意取得”的认定标准严格，需结合具体证据综合判断。

3. 实务建议：分阶段应对策略

   • 税务稽查阶段：积极配合调查，主动提交交易证据，避免被认定为“恶意接受虚开发票”；
     
   • 行政处罚阶段：若对处罚决定不服，可在60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼；
     
   • 刑事立案阶段：若被刑事立案，立即委托律师介入，分析是否构成犯罪及量刑情节（如自首、立功、从犯等），争取不起诉或缓刑。

4. 预防性措施：从源头规避风险

   • 交易前核查上游企业资质（如通过国家企业信用信息公示系统查询经营范围、行政处罚记录）；
     
   • 避免与“走逃、失联”企业交易，或要求其提供税务机关出具的“已纳税证明”；
     
   • 合同中明确约定发票类型、开具时间及违约责任，降低后续纠纷风险。

总结：下游企业需根据自身是否知情、证据充分性等具体情况，选择抗辩或配合调查的策略。若已涉及虚开案件，建议立即整理交易证据并咨询专业律师，制定针对性应对方案。如有进一步疑问，可直接向我提问。